사업양수도로 법인전환 시 법인순자산 가액 산정 관련 질의 회신

<질의요지> 사업양도·양수방식에 따라 개인기업을 법인으로 전환하는 경우 법인의 순자산 가액 산정 기준일을 법인설립일로 보아야 하는지 아니면 법인설립일로부터 3개월 이내에 사업양수도일로 보아야 하는지 여부 <회신내용> 가. 관련법령을 정리하면, ○ ｢지방세특례제한법｣ 제57조의2 제4항에서 ‘「조세특례제한법」 제32조에 따른 사업 양도ㆍ양수에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다’고 규정, ○ ｢조세특례제한법｣ 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) 제1항에서 ‘거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 규정하고 있으며, 제2항에서는 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다’고 규정, ○ ｢조세특례제한법 시행령｣ 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) 제2항에서 ‘법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다’고 규정하고 있고, 동 시행령 동조 제5항에서 ‘법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있으며, ○ ｢조세특례제한법 시행령｣ 제28조제1항제2호에는 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것’이라고 규정하고 있음나. 조세특례제한법 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) 관련 대법원 판례 검토(대법원 1998. 11. 24. 선고 97누 6216판결) ○ (판결문 주요내용) - 양도소득세의 면제요건의 판정은 특별한 규정이나 사정이 없는 한 양도시를 기준으로 하는 것이 원칙이라 할 것인 바, 법 제45조 제2항이 양도소득세 면제요건으로 새로이 설립되는 법인의 자본금이 일정액 이상일 것만 요구하고 있을 뿐 어느 시점을 기준으로 그 자본금을 갖추어야 하는지에 관하여는 명문으로 정한 바 없고, 원심 판시와 같이 법 규정의 취지가 개인기업자가 개인기업을 법인으로 전환하는 과정에서 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하려는 데 있다면 굳이 법인 설립시까지 그 자본금을 갖출 것이 필연적으로 요구되는 것도 아니라 할 것이므로 위 원칙에 따라 사업양도시를 기준으로 그 자본금을 갖추었는지를 판정할 수 밖에 없다 할 것이다. 그런데도 원심이 그 자본금을 갖추어야 하는 시점을 법인 설립시로 본 것은 위 면제규정에 관한 법리를 오해한 것이라 할 것이고 따라서 이 점을 지적하는 논지는 일단 이유 있다고 할 것이다. 한편, 영 제39조 제4항은 법 제45조 제1항 소정의 사업양수도 방법에 관하여 법인설립일로부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인으로서 법인으로 전환하는 사업장의 1년간의 평균순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고 법인설립일로부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다고 규정함으로써 사업양수도로 인한 법인전환의 경우 양도소득세 면제요건으로 법인 설립시 위 평균순자산가액 이상 출자할 것을 요구하고 있는 바, 원심이 확정한 사실관계에 의하더라도 원고가 법인설립시 위 평균순자산가액 이상을 출자한 것이 아님이 명백하므로 이 사건의 경우는 결국 양도소득세 면제요건을 갖추지 못하였다 할 것이다. 원심의 이유설시에 다소 부적절한 면이 없지 아니하나 이 사건의 경우 양도소득세 면제요건에 해당하지 아니한다고 본 결론은 정당하고, 따라서 앞서 본 법리오해의 점은 판결 결과에 아무런 영향을 줄 수 없으므로 결국 상고는 받아들일 수 없다. ○ (판결문에 대한 분석) - 원심판결에서는 개인기업자가 1989.6.1. 법인전환(자본금 50,000,000원)하였고 1년간 평균순자산가액은 104,604,000원이며, 개인기업자의 부동산을 법인으로 양도(1989.7.1. 계약, 양도가액 420,892,854원) 하는 날인 1989.8.25. 현재 법인의 자본금이 300,000,000원 사건에 대하여 1년간 평균순자산가액 이상의 자본금을 갖추어야 하는 시점을 법인 설립일로 보아 양도소득세 면제요건에 해당하지 아니한다고 판시하였고, - 대법원판결에서는 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 전문 개정 되기 이전의 것) 제45조제2항은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 일정금액 이상일 것만 요구하고 있고 어느 시점을 기준으로 그 자본금을 갖추어야 하는지에 대하여는 명문규정이 없기 때문에 사업양도시를 기준으로 그 자본금을 갖추었는지를 판단해야 하는데, 원심이 법인설립시로 본 것에 대하여는 법리를 오해한 부분이 있다고 설시하면서도, 영 제39조제4항은 법 제45조제1항 소정의 사업양수도 방법에 관하여 법인설립일로부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인으로서 법인으로 전환하는 사업장의 1년간의 평균순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하도록 규정하고 있으므로 원고가 법인설립시 위 평균순자산가액 이상을 출자한 것이 아님이 명백하므로 이 사건의 경우는 결국 양도소득세 면제요건을 갖추지 못하였다고 하여 원심판결을 유지한 것으로 최종 원고 패소 판결한 사례임다. 질의의 경우 판단 ○ (사실관계) - 법인설립일 2019.5., 자본금 10백만원, 순자산가액 590백만원 - 취득일 : 법인설립일로부터 3개월 이내 취득예정 - 자본금 증자(예정) : 법인설립일로부터 3개월이내 순자산가액 이상으로 자본금 증자 ○ 귀 질의의 경우「지방세특례제한법」제57조의2 제4항에 따라 사업양도·양수 방식에 따라 개인기업을 법인으로 전환하면서 취득하는 사업용자산에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 조세특례제한법 제32조에 따른 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인으로 전환하여야 하는데, 조세특례제한법 제32조 제1항 및 동법 시행령 제29조에서는 ① 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, ② 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하고, ③ 순자산가액은 조세특례제한법 시행령 제29조 제5항에서 동법 시행령 제28조제1항 제2호의 규정(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있는데, 질의 법인의 경우에는 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액이 5.9억원이므로 법인설립시 출자한 자본금이 최소한 5.9억원 이상이 되어야 함에도 불구하고 출자한 자본금이 1천만원인 경우에는 위 법령에서 규정한 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하여야 하는 요건을 충족치 못한 경우에 해당된다 하겠음(같은 취지의 대법원 1998. 11. 24 선고, 97누6216판결 참조)라. 결론 ○ 따라서 귀 질의 법인이 개인기업을 사업양도·양수 방식에 따라 법인으로 전환하면서 출자한 자본금이 사업장의 순자산가액에 미달하므로 취득하는 사업용자산에 대해서는 ｢지방세특례제한법｣ 제57조의2제4항의 취득세 감면 규정을 적용할 수 없다고 하겠으며, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실 확인 등 변동이 있을 시에는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안임