등록세 과오납 환부청구 기산일에 대한 질의

1. 귀하께서 2006. 1 1. 20. 우리부에 질의하신 사항에 대하여 답변하여 드리겠습니다. 2. 〈질의요지〉 토지수용(사업인정고시 : 2000. 10 .15.)으로 대체취득한 주택이 취득당시에는 토지보상이 이루어지지 아니하여 취득세(200 1. 1 1. 7.) 및 등록세(200 1. 10. 29.)를 자진신고납부하고서 토지보상관련 보상금 증액소송으로 2005. 8. 25.일자로 최종 보상금을 수령하고 기 납부한 취·등록세를 환부신청하여 취득세는 환급을 받았으나 등록세는 과오납금 청구권의 소멸시효가 완성되었다고 하여 환부가 거부 된 경우에 있어, 토지보상금 증액소송 확정으로 인한 등록세 과오납금 청구권의 기산일을 언제로 보아야 하는 지에 관하여 회신하여 드립니다. 3. 〈회신내용〉 가. 지방세법 제30조의5 제2항에서 지방자치단체의 징수금의 과오납으로 인하여 생긴 지방자치단체에 대한 청구권은 그 권리를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니한 때에는 시효로 인하여 소멸한다고 규정하고 있고 나. 소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행하고 그 권리를 행사할 수 없는 동안만은 진행하지 않는 바, “권리를 행사할 수 없는” 경우라 함은 그 권리행사에 법률상의 장애사유, 예컨대 기간의 미도래나 조건불성취 등이 있는 경우를 말하는 것이고 사실상의 권리의 존재나 권리행사 가능성을 알지 못함에 과실이 없다고 하여도 이러한 사유는 법률상 장애 사유에 해당하지 않는다고 할 것입니다.(같은 취지의 대법원 판례 2003두10763, 2004.4.27) 다. 귀문의 경우, 비록 토지보상관련 보상금증액 소송이 사후에 확정되었다고 하더라도 당초 토지수용 결정으로 주택 대체취득에 따른 취·등록세에 관하여 비과세 신청을 할 수 있는 위치에 있었다면 이는 과오납금 환부청구권을 행사할 수 없는 법률상의 장애가 있었다고 보기는 어렵다고 사료되므로, 이 건의 경우 비과세 대상임에도 착오로 납부한 등록세 과오납금의 반환을 구하는 것으로 당초 등록세 납부시부터 청구권을 행사할 수 있으므로 그 소멸시효는 청구권을 행사할 수 있는 납부일의 다음날로부터 진행한다고 봄이 타당하다고 사료됩니다. 다만, 이에 해당하는 지 여부는 과세권자가 사실조사후 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝. ※ 위의 회신내용에 대하여 추가로 문의하실 사항이 있는 경우 지방세정팀 000(☎ **-****-****)에게 연락을 주시면 자세히 답변을 드리겠습니다. 감사합니다.