①쟁점토지 취득후 유예기간(3년) 내 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 ②가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부③연구개발 전담 부서용 건축물이 본점 사업용 부동산인지 여부(해당 부속토지가 중과대상인지 여부)

쟁점① 청구법인이 이 건 건물을 신축하는 과정에서 발생한 건축일정의 지연은 청구법인이 처분청의 건축허가 조건을 간과한 귀책사유로 인한 것이라 할 것인바, 이러한 사정들이 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유 없음 쟁점② 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어려움 쟁점③ 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 청구법인의 연구개발전담부서는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 이와 달리 처분청은 청구법인의 연구개발전담부서가 본점의 역할을 하고 있다는 점에 대한 구체적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 연구개발전담부서가 본점에 해당한다고 보기는 어려움. 다만, 그 면적은 재조사하여 일반세율 적용이 타당함