① 이 건 쟁점연구소가 본점사업용 부동산인지 여부 ② 쟁점면적이 본점사업용으로서 기업부설연구소용에 해당하지 여부 ③ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병으로 취득하였으므로 중과세 산정의 기산일은 분할 전 법인이 당초 취득한 날이라는 청구주장의 당부 ④ 이 건 건축물의 부속토지는 법인합병을 원인으로 취득하였으므로 취득세 과세표준은 법인장부가액인지 여부

쟁점①쟁점연구소 입․출입 현황에 따르면 대부분 쟁점연구소 소속 직원만이 이용하는 것으로 확인이 되는 점 등에 비추어, 쟁점연구소용 부동산은 관련 법령에 따라 기업의 연구활동만을 전담하는 장소로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점연구소용 부동산에 대하여 중과세율 적용을 배제해달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.쟁점②폐수배출시설 설치 허가증을 보면, 쟁점면적 중 지하 5․6층 폐수처리시설 부분은 쟁점연구소에서 배출되는 폐수만을 처리하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점면적도 기업부설연구소의 부속시설 및 공용면적으로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구 중 쟁점면적에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단쟁점③청구법인은 이 건 건축물의 부속토지 일부인 쟁점토지를 무상으로 취득(법인합병) 하였으므로 취득세 과세표준은 시가표준액이 되어야 한다고 주장하나 쟁점토지를 합병으로 인하여 취득했는지 여부가 명확하지 아니하고 청구법인은 쟁점토지의 취득가격을 OOO원으로 신고한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 건축물 부속토지의 일부인 쟁점①토지를 취득한 후 5년을 경과하여 본점 사업용으로 사용하였으므로 중과세율 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인은 2011.11.3. 등에 쟁점①토지를 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2016.4.18. 그 지상에 이 건 건축물을 신축하여 일부를 본점으로 사용한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.