본점용 부동산 겸 공장에 대한 지방 이전 감면 관련 질의 회신

<질의요지> 1동의 건축물(200㎡미만)에서 상품의 제조와 사무업무를 같이 수행하고 있어 사실상 사무실과 공장의 구분이 명확하지 않은 경우 지방 이전 감면 적용 여부 <회신내용> ○ ｢지방세특례제한법｣ 제79조에서 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우 해당 사업을 직접하기 위하여 취득하는 부동산에 대해 취득세 및 재산세를 감면하도록 규정하고 있고 ○ 같은 법 제80조에서는 대도시에서 공장시설을 갖추고 사업을 직접 하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로서 공장 설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 경우 해당 사업을 직접하기 위하여 취득하는 부동산에 대해 취득세 및 재산세를 감면하도록 규정하고 있습니다. ○ ｢지방세특례제한법｣ 제79조 및 제80조에 따른 지방 이전 감면은 인구 및 산업과 경제활동이 대도시에 집중되는 것을 분산하기 위하여 본점 및 공장의 지방이전을 촉진할 목적으로 도입된 것으로, 본점이란 법인의 중추적인 의사결정 기능을 수행하는 장소로 사용되는 부동산과 창고 등 그 부대시설용 부동산을 의미하고, 공장이란 제조설비를 설치한 건축물 및 그 제조설비를 지원하기 위한 공장경계 내 사무실, 후생복지시설 등 각종 부대시설을 의미한다고 할 것입니다. ○ 살피건데, 1동의 건축물 내에서 상품의 제조와 사무업무를 같이 수행하고 있어 사실상 사무실과 공장의 구분이 명확하지 않은 경우, 법인의 본점과 공장의 구분은 단지 법인등기부 등본상 본점등기 여부를 기준으로 판단할 것이 아니라 그 형식보다는 실질에 의하여 판단하여야 하는 바(대법원 1997.5.7. 선고 96누2330 판결), 해당 건축물이 실질적으로 공장으로 사용되고 있고, 건축물 내에서 본점용 사무실이 공장과 독립적으로 구분되어 있지않는 경우라면 본점용 사무실은 공장을 지원하기 위한 사무실로서 공장의 부대시설에 해당된다고 보는 것이 타당하다고 할 것입니다. ○ 따라서 위 조항의 문언과 입법취지, 실질과세원칙 등을 종합적으로 고려할 때, 본점용 사무실이 공장과 독립적으로 구분되지 않는 경우에는 본점용 사무실을 공장을 지원하기 위한 부대시설로 볼 수 있어 건축물 전체가 공장에 해당된다고 할 것이므로 공장의 지방 이전에 대한 감면요건에 따라 감면여부를 판단하는 것이 타당하다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세관청에서 구체적인 사실관계 등을 종합적으로 확인하여 판단하여야 할 사항입니다.