(1) 폐기물처리시설의 2단계 매립공사 중 1단계 사용(매립) 종료신고가 수리되었다하여 그 사실상의 지목이 변경(유지 → 잡종지)되어 취득세 납세의무가 성립된 것으로 볼 수 있는지 여부 및 그 과세표준 산정의 적법 여부

이유 1. 처분청이 2012.4.10. OOO에 대하여 청구법인에게 한 지목변경 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. 2. 처분청이 2012.4.10. OOO에 대하여 종합합산과세대상으로 구분하여 청구법인에게 한 2008년～2011년 재산세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 이를 별도합산과세대상으로 구분하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. 3. 나머지 청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요 1. 청구법인은 2008.5.8. OOO OOOO(OOOOOOOOO OOOOOO OOOOO OOOO, OO OOOOOO OO)가 영위하는 염화칼슘 및 시약제품의 제조판매업 등을 주업으로 하는 OOO을물적분할하여 신설된 법인으로서 OOO공장의 부동산 등을 OOO로부터 포괄승계취득하였다. 2. 처분청은 2008년～2011년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유한 OOO공장 전체 부지 1,486,003㎡(2011년 공부상 면적) 중 OOO에 대하여 매년마다 공업용 취수장으로 사용된 공장용지로 보아 분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 과세하였다. 3. 한편, 청구법인은 2003.12.31. OOO시장, 처분청 및 폐석회적정처리방안 모색을 위한 시민위원회(4자간) 간에 체결된 OOO공장 부지 내 폐석회처리협약(이하 “이 건 폐석회처리협약”이라 한다)상의 의무이행을 위하여 2005.12.30. 이 사건 토지 중 OOO 등을 포함한 총 10필지 295,670㎡에 관리형매립시설인 폐기물처리시설(시설규격 4,810,000㎥, 이하 “이 건 폐기물처리시설”이라 한다) 설치승인(1단계 : 115,670㎡, 2단계 180,000㎡)을 받고, 이 사건 토지 내 해수(海水)를 퍼낸 후 이 건 폐기물처리시설 설치공사를 하여 OOO공장 내에 적치되어 있는 폐석회를 탈수과정 등을 거쳐 단계별로 매립하였는바, 1단계 설치승인을 받은 OOO에 대한 폐석회 매립을 완료한 후 2010.3.25. 처분청에 1단계 폐기물처리시설(이하 “1단계 폐기물처리시설”이라 한다) 사용종료신고를 하여 2010.6.21. 사용종료신고 수리를 받았으며, 이에 대하여 처분청에 지목변경에 따른 취득신고는 하지 아니하였다. 4. OOO시장은 2011년 11월중에 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 이 사건 토지가 도시관리계획상 공업지역이 아닌 녹지지역에 소재하고 있고, 2006년 9월에 폐기물처리시설 공사 착공으로 이 사건 토지에 있던 공업용 해수를 퍼내어 2007년 재산세 과세기준일부터 실제 사용현황이 잡종지에 해당하므로 분리과세대상인 ‘공장용지’가 아니라고 하여 종합합산과세대상 토지로 보았고, 이 사건 매립토지에 대하여는 1단계 폐기물처리시설의 사용종료 신고수리일(2010.6.21.)에 사실상 지목이 유지에서 잡종지로 변경되어 지목변경에 의한 취득세 납세의무가 성립된 것으로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다. 5. 처분청은 위 과세자료 통보 내용에 따라 이 사건 매립토지에 대하여 청구법인의 법인장부에서 입증되는 총 공사금액OOO 중 이 사건 매립토지에 대한 안분비율(39.12%)로 계산한 OOO을 과세표준액으로 하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 2012.4.10. 청구법인에게 부과고지하였고, 이 사건 토지에 대하여는 당초 분리과세대상에서 종합합산과세대상으로의 변경에 따른 2008년～2011년 재산세액을 재산정한 후 그 차액에 대하여 2008년～2011년 재산세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 청구법인에게 2012.4.10. 부과고지하였다. 6. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.26. 심판청구를 제기하였다. Ⅱ. 쟁점별 청구법인 주장 및 처분청 의견 1. 이 사건 매립토지에 대한 지목변경 취득세 관련 가. 청구법인 주장 (1) 전체 폐석회 매립공사 중 1단계 공사가 완료되었다고 하여 사실상 지목변경 시기가 도래한 것으로 볼 수 없다. (가) 지목변경의 목적에 따른 모든 공사가 완공되어 당초 의도한 대로의 기능을 발휘하고 있지 않은 이상, 단지 일부의 형질변경공사 등이 완료되었다고 하여 토지의 지목이 사실상 변경된 것으로 볼 수 없다OOO 하겠는바, 이 건 폐기물처리시설은 당초부터 유원지의 하부시설로 계획되었던 것으로, 이 사건 매립토지의 경우 폐석회처리시설 1단계 사용만이 종료되어 OOOOOOOOOO(OOOOO O OO, OO OO O OOOOO OO) 중 1-1단계 유원지조성공사 일부가 진행되고 있고, 그 일부를 처분청이 임시 야구장으로 사용하고 있을 뿐이므로 지목이 변경된 것으로 볼 수 없고, OOO시장 역시 도시계획시설(유원지)의 준공시기를 2010년 12월로 예정하였다가 2013년 12월로 변경한 바 있으므로, 이 건 유원지공사가 완공되어 유원지로서의 기능을 발휘할 2013년 12월 이전에는 이 사건 매립토지의 형질이나 이용 상태가 변경된 것으로 볼 수 없다. (나) 「행정안전부장관」역시 이 사건 매립토지의 취득시기에 대하여 “사실상의 지목변경 시기는 토지의 지목을 변경하려는 자가 당초 의도한 대로 토지의 형질이나 이용상태가 변경된 때를 말하는 것”으로 회신OOO하였는바, 이 사건 매립토지는 이 건 폐석회처리협약서에 의한 의무이행에 따라 종국적으로 유원지로 조성될 예정인바, 현재 폐기물처리시설 1단계만 사용종료되고 일부 부지에서 수목 등 식재작업이 진행되고 있을 뿐으로 전체적으로 유원지 조성공사가 완공되지 아니하여 유원지로서의 기능을 발휘할 수 없음에도 불구하고 처분청이 단순히 1단계 폐기물처리시설 사용종료시점인 2010.6.21.을 취득시기로 보아 지목변경에 따른 취득세를 부과한 것은 부당하다. (2) ‘지목변경에 소요된 비용’이란 지목을 사실상 변경하기 위한 목적으로 직접 소요된 비용, 즉 토지에 대한 자본적 지출을 의미하는 것인바, 폐석회처리비용인 쟁점공사금액은 지목변경을 목적으로 직접 소요된 비용이 아니다. (가)「지방세법」상 취득가액은 ‘당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용’으로 정의하고 있고, 토지를 조성할 목적으로 자가공장 내의 유수지에 매립하는 경우에는 그 처리비용을 토지의 자본적 지출로 하며, 단순히 폐기물을 처리하는 과정에서 토지가 조성된 경우에는 당해 처리비용을 제조원가(당기비용)로 하는 것OOO이고, 토지에 대한 자본적 지출은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용OOO이라 하겠는바, 1단계 폐기물처리시설 위에 조성된 이 사건 매립토지는 부지의 형상을 갖추고는 있으나, 침출수 정화시설을 갖추고 있는 이 건 폐기물처리시설에 폐석회가 매립(처리)되어 있는 토지로서 당초부터 이 사건 매립토지를 조성할 목적으로 폐석회가 매립된 것이 아니라 폐기물처리시설 내에 폐석회를 매립하는 과정에서 부수적으로 부지가 조성된 것이므로 쟁점공사금액은 지목변경을 위한 목적으로 직접 소요된 자본적 지출로 볼 수 없다. (나) 특히,「국세청 과세사실판단자문위원회」는 2010.3.24. 쟁점공사금액에 대하여 “관련 사실을 종합적으로 판단할 때, 실질과세에 따라 토지의 자본적 지출로 보기는 어려우므로 매입세액 공제가 타당”하다고 판단한바 있고, 이에 따라 동 금액은 손금으로 인정받았다. (다) 더구나, 처분청의 논리에 의하더라도 이 사건 매립토지의 지목변경에 소요된 비용은 위 토지에 폐석회를 운반·매립하고 복토하는 데에 소요된 비용으로 한정되어야 할 것인데, 쟁점공사금액에는 이와는 아무런 관련이 없는 도시계획시설 설치 등과 관련하여 각종 영향평가에 소요된 비용, 지하굴착비용, 이 건 폐기물처리시설 설치비, 폐석회탈수에 소요된 비용, 배수선행공사비용, 차수막 공사 등의 관련비용 등이 포함되어 있으므로 잡종지를 취득하기 위한 목적으로 지급하여야 할 비용으로 볼 수 없으며, 쟁점공사금액이 자본적 지출에 해당한다면 이 사건 매립토지의 가치도 쟁점공사금액 상당액OOO 만큼 증가하였을 것이나, 이 사건 매립토지의 공시지가는 2009년 OOO에서 2011년 OOO으로 OOO만이 증가하였을 뿐이므로 자본적 지출이 아님은 명백하다. (라) 나아가 이 사건 매립토지는 「폐기물관리법」에 따라 의무적으로 20년 동안 사후관리를 해야 하는 것으로서 산업쓰레기 무덤에 불과하다. 나. 처분청 의견 (1) 구「지방세법 시행령」제73조 제9항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날(사실상 변경된 날이 불분명한 경우에는 공부상 지목이 변경된 날을 말한다)에 취득한 것으로 보고, 지목변경일 이전에 임시로 사용하는 부분에 대하여는 사실상 사용한 날에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제77조에서 “부동산에 있어서는 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과”하도록 규정하고 있고, 『측량·수로조사 및 지적에 관한 법률』 (2009.6.9. 법률 제9774호 제정, 이하 같다) 제86조 제3항에서는 “토지의 이동은 토지의 형질