주식 액면미달 발행에 따른 법인등기부상 자본금 변경등기시의 등록면허세 과세표준

【심급】 1심 【세목】 등록면허세 【주문】 1. 피고가 2019. 5. 17. 원고에 대하여 한 등록면허세 가산세 6,782,490원, 지방교육세 가산세 39,500원의 경정청구거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【이유】 1.처분의 경위 가.원고는2018. 12. 21.임시주주총회에서 액면가액500원인 원고의 기명식 보통주식86,644,176주를 주당120원에 액면미달발행하기로 의결하고,법원의 인가(서울남부지방법원2018비합143)를 받았으며, 2019. 3. 7.주금납입이 완료되었다(이하‘이 사건 유상증자’라 한다). 나.원고는 이 사건 유상증자에 따라2019. 3. 8.서울중앙지방법원에 법인등기부상 자본금을21,661,044,000원에서43,322,088,000원(주당500원×86,644,176주)(이하‘액면가액’이라 한다)증가한64,983,132,000원으로 하되,실제로 납입된 주금10,397,301,120원(주당120원×86,644,176주)(이하‘액면미달가액’이라 한다)과의 차액32,924,786,880원(43,322,088,000원-10,397,301,120원)(이하‘쟁점차액’이라 한다)을 미상각액으로 하는 자본금 변경등기를 신청하였고, 2019. 3. 13.자본금 변경등기 절차가 완료되었다(이하‘이 사건 변경등기’라 한다). 다.원고는 당초2019. 3. 8.이 사건 변경등기에 관하여 액면미달가액을 과세표준으로 계산한 등록면허세(등록분) 41,589,200원,지방교육세8,317,840원 합계49,907,040원을 신고·납부하였으나, 2019. 3. 14.피고 소속 담당공무원으로부터 과세표준을 액면미달가액이 아닌 액면가액으로 하여야 한다는 안내를 받고,같은 날 쟁점차액을 과세표준으로 하여 구 지방세기본법(2019. 12. 31.법률 제16854호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제57조 제2항 제1호 가목에 따라50%감면한 과소신고가산세를 포함한 등록면허세138,481,630원(과소신고 및 납부불성실가산세는6,782,490원),지방교육세26,379,320원(과소신고 및 납부불성실가산세는39,500원)을 추가로 수정신고·납부하였다. 라.원고는2019. 3. 22.피고에게 수정신고·납부한 위 각 가산세 합계6,821,990원(이하‘이 사건 각 가산세’라 한다)의 취소를 구하는 경정청구를 하였으나,피고는2019. 5. 17. ‘증자 시 출자 및 재산의 총액이 증가된 부분을 과세표준으로 하여 등록면허세를 신고·납부하여야 하는바,가산세는 납세의무자의 고의·과실을 요하지 않고 특히 납부불성실가산세는 미납부액에 대한 이자의 성격을 가지고 있는 점 등을 참작하면,원고가 이 사건 각 가산세를 가산하여 등록면허세 등을 수정신고·납부한 것은 적법하다.’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 거부처분’이라 한다). 마.원고는 이 사건 거부처분에 불복하여2019. 5. 23.서울특별시장에게 심사청구를 하였으나, 2019. 7. 29.기각되었다. [인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지10호증(가지번호 포함),을 제1내지4호증의 각 기재,변론 전체의 취지 2.처분의 적법 여부 가.원고의 주장 1)이 사건 변경등기에 관한 등록면허세는 구 지방세법(2019. 8. 27.법률 제16568호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제28조 제1항 제6호 가목2)(이하‘이 사건 과세근거법령’이라 한다)에 따라 원고가 실제로‘납입한 금액’인 액면미달가액을 과세표준으로 하는 것이 조세법률주의와 실질과세원칙에 부합한다.이와 달리 액면가액이 이 사건 변경등기에 관한 등록면허세 등의 과세표준이 되어야 함을 전제로 한 이 사건 거부처분은 위법하다. 2)설령 피고의 주장과 같이 원고가 신고·납부하여야 할 등록면허세 등의 과세표준을 액면가액으로 보더라도,이 사건 과세근거법령이 그 문언상’납입한 금액‘을 과세표준으로 한다고 명시하고 있고 이에 따라 원고가 실제 납입한 금액인 액면미달가액을 기준으로 등록면허세 등을 신고·납부한 점,원고가 이 사건 변경등기 절차가 완료된2019. 3. 13.곧바로 피고 소속 담당공무원에게 당초 신고·납부한 등록면허세 등의 적정 여부를 문의한 후 그 안내에 따라2019. 3. 14.쟁점차액에 대한 세액을 수정신고·납부한 점 등에 비추어 보면,원고가 이 사건 변경등기에 관한 등록면허세 등의 신고·납부의무를 게을리 한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것인바,그러한 이유에서도 이 사건 거부처분은 위법하다. 나.관계 법령 별지 기재와 같다. 다.판단 1)액면미달가액이 등록면허세 등의 과세표준이 되어야 한다는 주장에 관하여 가)관련 규정 및 법리 구 지방세법 제27조 제1항은‘부동산,선박,항공기,자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다.’고 규정하고 있으나,상사회사의 자본금 증가로 인한 변경등기 시 등록면허세의 과세표준에 관하여는 별도로 규정을 두지 않고 있다.다만 이 사건 과세근거법령은 상사회사의 자본증가 시‘납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의1천분의4’를 세액으로 규정하고 있다. 그런데 회사의 자본금은 발행주식의 액면총액임이 원칙이고(상법 제451조 제1항),미상각액은 주식발행초과금이나 이익잉여금으로 상각될 것이 예정되어 있는 점,따라서 법인등기부의 자본금 변경등기는 실제로 증가된 액면미달가액이 아니라 자본금인 액면가액을 기본으로 하여 이루어지도록 되어 있는 점,등록면허세는 등록행위 자체를 과세물건으로 하는 행위세적 성격을 지닌 조세이고,등록면허세의 납세의무자는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속여부와는 관계가 없는 외형상의 권리자인 점 등의 사정에 비추어 보면,법인등기부의 자본금 변경등기 시 등록면허세의 과세표준은 변경된 발행주식의 액면총액에 의하여야 한다고 해석함이 타당하다. 나)구체적 판단 앞서 본 처분의 경위를 위 법리에 비추어 보면,이 사건 변경등기에 관한 등록면허세는 액면미달가액이 아닌 액면가액을 과세표준으로 하여야 하는바,이와 같은 전제에 선 이 사건 거부처분에 위법이 있다고 할 수 없다.원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 2)원고에게 이 사건 각 가산세를 감면할 정당한 사유가 인정된다는 주장에 관하여 가)관련 법리 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고,납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재로서,정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다(구 지방세기본법 제57조 제1항).따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때와 같이 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다. 나)구체적 판단 원고는 이 사건 변경등기 절차 완료 직후 피고 소속 담당공무원에게 이미 신고·납부한 등록면허세 등의 적정 여부에 관하여 문의하였고,그 안내에 따라 당초 신고·납부시점으로부터6일 만에 쟁점차액을 과세표준으로 하여 수정신고·납부를 하였는바,앞서 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면,원고가 이 사건 변경등기에 관한 등록면허세 등의 신고·납부를 다소 늦게 한 데에 비난할 수 없는 정당한 사유가 인정된다.원고의 이 부분 주장은 이유 있다. (1)앞서 본 바와 같이 등록에 대한 등록면허세는 증가된 자본금 액수를 과세표준으로 하여야 함에도 이 사건 과세근거법령은‘납입한 금액의1천분의4’를 등록면허세액으로 규정하고 있어,그 문언만을 놓고 보면 상법 제417조 제1항에 따른 액면미달발행과 같이 액면가액과 실제 납입된 주금이 상이한 경우 마치 실제 납입된 주금을 기준으로 세액을 산출하여야 하는 것으로 오인될 여지가 충분하다. (2)다른 과세법령에서‘납입한’이란 문언이 사용되는 경우는‘실제로 납입된’이란 기성의 결과를 의미하는 것으로 받아들여질 뿐 이를 두고 다시 규범적으로 평가,해석하는 예는 없는 것으로 보인다.또한 현재까지 액면미달발행으로 인한 유상증자 시 그 등록면허세의 과세표준에 관하여 판시한 대법원 판결은 물론 하급심 판결도 존재하지 않는다.이러한 상황에서 원고가 이 사건 과세근거법령을 제대로 해석하지 못한 채 등록면허세 등의 신고·납부의무를 제때 이행하지 못한 것이,단순히 법률상의 부지·오해에서 비롯된 원고의 잘못이라고 보기는 어렵다. 3)소결 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 3.결론 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ○구 지방세법(2019. 8. 27.법률 제16568호로 개정되기 전의 것) 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다.다만,제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 가.광업권 및 어업권의 취득에 따른 등록 나.제15조제2항제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량,기계장비,항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록 다.「지방세기본법」제38조에 따른 취득세 부과제척기간이 경과한 물건의 등기 또는 등록 라.제17조에 해당하는 물건의 등기 또는 등록 2. "면허"란 각종 법령에 규정된 면허·허가·인가·등록·지정·검사·검열·심사 등 특정한 영업설비 또는 행위에 대한 권리의 설정,금지의 해제 또는 신고의 수리(受理)등 행정청의 행위(법률의 규정에 따라 의제되는 행위를 포함한다)를 말한다.이 경우 면허의 종별은 사업의 종류 및 규모 등을 고려하여 제1종부터 제5종까지 구분하여 대통령령으로 정한다. 제27조(과세표준) ①부동산,선박,항공기,자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서"등록면허세"라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다." ②제1항에 따른 과세표준은 조례로 정하는 바에 따라 등록자의 신고에 따른다.다만,신고가 없거나 신고가액이 제4조에 따른 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. ③제10조제5항 및 제6항에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 같은 조 제6항에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다.다만,등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다. ④채권금액으로 과세액을 정하는 경우에 일정한 채권금액이 없을 때에는 채권의 목적이 된 것의 가액 또는 처분의 제한의 목적이 된 금액을 그 채권금액으로 본다. ⑤제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제28조(세율) ①등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.다만,제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다. 6.법인 등기 가.상사회사,그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인 1)설립과 납입:납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의1천분의4(세액이11만2천5백원 미만인 때에는11만2천5백원으로 한다.이하 이 목부터 다목까지에서 같다) 2)자본증가 또는 출자증가:납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의1천분의4 ○구 지방세기본법(2019. 12. 31.법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제49조(수정신고) ①이 법 또는 지방세관계법에 따른 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 지방자치단체의 장이 지방세관계법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하여 통지하기 전까지는 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다. 1.과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적을 때 2.과세표준 신고서에 기재된 환급세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과할 때 3.그 밖에 특별징수의무자의 정산과정에서 누락 등이 발생하여 그 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액 등보다 적을 때 ②제1항에 따른 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 추가납부세액을 납부하여야 한다. ③과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. 제50조(경정 등의 청구) ①이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터90일 이내(법정신고기한이 지난 후5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1.과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2.과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때 ③제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 청구받은 날부터2개월 이내에 그 청구를 한 자에게 과세표준 및 세액을 결정·경정하거나 결정·경정하여야 할 이유가 없다는 것을 통지하여야 한다.다만,청구를 한 자가2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청,심사청구,심판청구 또는「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다. 제52조(가산세의 부과) ①지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. ②가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다. ③제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 감면대상에 포함시키지 아니한다. 제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ①납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하"과소신고"라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하"초과환급신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며,이하"과소신고납부세액등"이라 한다)의100분의10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. ②제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 과소신고하거나 초과환급신고한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 1.사기나 그 밖의 부정한 행위로 인한 과소신고납부세액등(이하"부정과소신고납부세액등"이라 한다)의100분의40에 상당하는 금액 2.과소신고납부세액등에서 부정과소신고납부세액등을 뺀 금액의100분의10에 상당하는 금액 ③제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 과소신고한 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다. 1.신고 당시 소유권에 대한 소송으로 상속재산으로 확정되지 아니하여 과소신고한 경우 2.「법인세법」제66조에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정으로「상속세 및 증여세법」제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하는 경우는 제외한다)에 해당하여「소득세법」제88조제2호에 따른 주식등의 취득가액이 감소됨에 따라 양도소득에 대한 지방소득세 과세표준을 과소신고한 경우 ④부정과소신고납부세액등의 계산 및 그 밖에 가산세 부과에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제55조(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ①납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하"과소납부"라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하"초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다.이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액,과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다.이하 같다)세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다.이하 같다)세액의100분의75에 해당하는 금액을 한도로 한다. 1.납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다) ×납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 2.초과환급분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다) ×환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 ②제1항에도 불구하고「법인세법」제66조에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정으로「상속세 및 증여세법」제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하는 경우는 제외한다)에 해당하여「소득세법」제88조제2호에 따른 주식등의 취득가액이 감소됨에 따라 양도소득에 대한 지방소득세를 과소납부하거나 초과환급받은 경우에는 제1항의 가산세를 적용하지 아니한다. ③지방소득세를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 지방소득세를 신고납부한 것으로 본다.다만,해당 지방소득세의 신고가 제53조에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제54조에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고ㆍ초과환급신고한 경우에는 그러하지 아니하다. 제57조(가산세의 감면 등) ①지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다. ②지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 지방세관계법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 감면한다. 1.법정신고기한이 지난 후2년 이내에 제49조에 따라 수정신고한 경우(제54조에 따른 가산세만 해당하며,지방자치단체의 장이 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준 수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가.법정신고기한이 지난 후6개월 이내에 수정신고한 경우:해당 가산세액의100분의50에 상당하는 금액 나.법정신고기한이 지난 후6개월 초과1년 이내에 수정신고한 경우:해당 가산세액의100분의20에 상당하는 금액 다.법정신고기한이 지난 후1년 초과2년 이내에 수정신고한 경우:해당 가산세액의100분의10에 상당하는 금액 ③제1항 또는 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. ○상법 제417조(액면미달의 발행) ①회사가 성립한 날로부터2년을 경과한 후에 주식을 발행하는 경우에는 회사는 제434조의 규정에 의한 주주총회의 결의와 법원의 인가를 얻어서 주식을 액면미달의 가액으로 발행할 수 있다. ②전항의 주주총회의 결의에서는 주식의 최저발행가액을 정하여야 한다. ③법원은 회사의 현황과 제반사정을 참작하여 최저발행가액을 변경하여 인가할 수 있다.이 경우에 법원은 회사의 재산상태 기타 필요한 사항을 조사하게 하기 위하여 검사인을 선임할 수 있다. ④제1항의 주식은 법원의 인가를 얻은 날로부터1월내에 발행하여야 한다.법원은 이 기간을 연장하여 인가할 수 있다. 제451조(자본금) ①회사의 자본금은 이 법에서 달리 규정한 경우 외에는 발행주식의 액면총액으로 한다. ○지방세법 기본통칙 28-8【불입한 출자금액】 「불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자금액」이라 함은 법인장부상의 금액으로 하지 아니하고 법인등기시의 법인등기부상 자본금란의 금액으로 한다. 28-10【자본증가 등의 범위】 「자본,출자 및 자산의 총액증가」라 함은 발행주식의 총수,그 종류와 각종 주식의 내용과 수,자본ㆍ출자 및 재산의 총액 등이 변경된 경우 증가분을 말한다.