중복특례 배제 대상에 해당하는지 여부에 대한 회신

<질의요지> ○ 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용 중(｢지방세특례제한법｣ §180) - 하나의 건축물에서 연구소 부분과 그 외 부분을 동일한 과세대상으로 보아 중복 특례 배제 규정을 적용할 수 있는지 여부 <회신내용> ○ 「지방세특례제한법」(법률 제19862호, 시행 2024. 1. 1., 이하 “舊 지특법”이라 한다) 제180조에 따라, 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용하도록 규정하고 있습니다. - 동 규정의 입법 취지는 동일한 과세대상에 2개 이상의 감면 규정을 모두 적용할 경우 발생할 수 있는 조세부담의 불공평성을 방지하면서 과다한 조세지원을 조절하여 세수를 확보하고 조세 감면의 체계적인 관리를 유지하기 위한 것(대법원 1996.10.11., 선고96누1337)입니다. ○ 하나의 건축물이 기업부설연구소에 사용되는 면적(이하 “연구소 면적”이라 한다)과 그 외 면적으로 명확하게 구분되어 있는 경우라면 중첩되지 않는 면적에 대하여는 그 각각에 해당하는 감면 규정을 적용할 수 있습니다(지방세특례제도과-846, 2023.4.14. 참조). - 따라서 연구소 면적은 舊 「지특법」 제46조에 따른 기업부설연구소 감면(이하 “연구소 감면”이라 한다)을 적용하고, 연구소 면적과 중첩되지 아니하여 연구소 감면을 적용하지 아니한 그 외 면적에 대하여는 舊 「지특법」 제47조의2에 따른 녹색건축 인증 감면을 적용하더라도 중복하여 취득세가 감면되는 부분은 없으므로 중복특례 배제 규정을 적용하기 어렵다고 할 것입니다. ○ 다만, 이에 해당하는지 여부에 대해서는 과세권자가 제반 사실관계를 면밀히 검토하여 결정할 사안입니다.