내항 화물운송용 선박 감면 추징 관련 질의 회신

<질의요지> ○ 내항 화물운송용 선박으로 취득세 감면이 적용된 선박을 주로 외항 운송용으로 사용한 경우 감면받은 취득세 추징 대상 여부 <회신내용> ○ 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 '舊지방세특례제한법'이라 한다) 제64조제2항 단서 외 본문에서 연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 화물운송용 선박과 외국항로에만 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 외국항로취항용 선박에 대해서는 2021년 12월 31일까지 「지방세법」 제12조제1항제1호의 세율에서 1천분의 10을 경감하여 취득세를 과세하도록 정하면서 단서에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 등에는 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, - 「지방세특례제한법 시행령」(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정된 것, 이하 ‘舊지방세특례제한법 시행령’이라 함) 제30조제1항은 舊지방세특례제한법 제64조제2항에 따른 감면 대상인 선박을 「해운법」 제24조에 따라 내항 화물운송사업을 등록한 자가 취득하는 내항 화물운송용 선박과 「해운법」 제4조에 따라 외항 여객운송사업의 면허를 받거나 같은 법 제24조에 따라 외항 화물운송사업을 등록한 자가 외국항로에 전용하는 선박 등으로 규정하고 있고, - 「해운법」제2조에서 해운업을 여객운송사업과 화물운송사업으로 구분하여 규정하면서 같은 법 제23조 제1호에서는 '내항 화물운송사업'을 국내항과 국내항 사이에서 운항하는 해상화물운송사업으로, 제3조 제3·4호 및 제23조 제2·3호에서는 '외항 여객 및 화물 운송사업'을 국내항과 외국항 사이 또는 외국항과 외국항 사이를 운항하는 사업으로 규정하고 있습니다. ○ 위 감면 규정에 따르면, 외항항로의 경우에는 "외항항로에 전용하는 선박"으로 그 감면대상을 한정하고 있으나, 내항항로의 경우에는 "내항 화물운송용 선박"으로 규정하고 있어 '전용'요건을 별도로 두고 있지는 않는데, 이는 규모 등에서 외항선사에 비해 상대적으로 영세한 내항 화물운송용 선박이 일시적으로 외항항로에 운항하더라도 지원하려는데 그 취지가 있다고 할 것인바, 내항 화물운송용 선박으로 취득세 등 지방세를 감면받기 위해서는 내항 화물운송용 선박을 전용될 필요까지는 없겠으나 주로 내항 화물운송용으로 사용되었음이 운항횟수, 운송물량, 운임 등 객관적 사실관계를 통하여 확인되는 경우로 보아야 할 것입니다. ○ 이 건 선박의 경우를 보면, 그 소유자는 2016.3.8. 「해운법」 제24조에 따라 내항 화물운송사업을 등록한 후 2020.9.14. 이 건 선박을 취득하면서 내항 화물운송용 선박으로 감면받은 후 실제로는 화학제품운반선으로 사용하면서 외항화물 운송사업용으로 90% 이상 운행한 사실이 확인되는 이상 내항 화물운송용 선박으로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에 해당되어 경감된 취득세의 추징대상에 해당된다고 판단됩니다. ○ 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 한 것으로, 추가 사실 확인 등 변동사항에 대해서는 당해 과세권자가 면밀한 사실조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.