법인지방소득세 특별징수세액 납세지 및 환급지 질의

<질의요지> ○ 국내에 사업장이 1개 존재하는 외국법인의 특별징수 대상인 국내 원천 소득에 대하여 특별징수의무자의 신고지와 외국법인의 확정신고 시 사업장소재지가 다른 경우, 이에 대한 환급지 질의 <회신내용> ○ 법인지방소득세의 납세지 및 환급지에 관한 원칙 ① 일반적인 경우의 납세지 - ｢지방세법｣ 제89조 제1항제2호에서는 법인지방소득세의 납세지는 ‘사업연도 종료일 현재의 ｢법인세법｣ 제9조에 따른 납세지’이며 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장 소재지’를 납세지로 규정하고 있습니다. - ｢법인세법｣ 제9조제2항에서는 외국법인의 법인세 납세지는 ‘국내사업장의 소재지’로 규정하고 있으므로, 법인지방소득세의 납세지는 원칙적으로 국내사업장의 소재지입니다. ② 특별징수하는 경우의 납세지 - 한편, ｢법인세법｣ 제9조제4항은 원천징수하는 법인세의 납세지는 ‘대통령령으로 정하는 해당 원천징수의무자의 소재지’로 규정하고 있으며, 동법 시행령 제7조제6항가목에 따른 원천징수의무자의 소재지는 원천징수의무자가 법인인 경우 본점․주사무소의 소재지라고 규정하고 있습니다. - 다만, 특별징수하는 지방소득세에 대해서는 ｢지방세법｣ 제89조제3항이 우선하여 적용되는데 같은 항 제4호에 따르면 ‘제1호부터 제3호까지(근로,퇴직소득 등)에서 규정한 소득 외의 소득에 대한 소득세 및 법인세의 원천징수사무를 본점 또는 주사무소에서 일괄처리하는 경우’ 그 소득에 대한 지방소득세의 납세지는 ‘그 소득의 지급지’라 규정하고 있으므로, - 법인지방소득세의 납세지는 국내사업장의 소재지이며, 특별징수의 경우 그 소득의 지급지(또는 특별징수의무자(법인)의 본점 또는 주사무소 소재지)라 할 수 있습니다. ③ 지방소득세의 환급지 - ｢지방세법 시행령｣ 제100조의34에서는 지방소득세의 환급금은 법 제89조에 따른 납세지를 관할하는 지방자치단체에서 환급하거나 충당해야 한다고 규정하고 있습니다. ○ 법인지방소득세의 특별징수세액 정산의 특례 - 다만, 법인지방소득세는 법인세와 달리 그 세액이 각 지방자치단체에 귀속되는 점을 고려하여 ｢지방세법｣은 세액의 귀속주체를 확정하기 위해 연간 특별징수세액을 정산하는 절차(제103조의62, ’15년~)를 두고 있고, 전국 지방자치단체는 세액 정산·배분, 정산사무의 내용과 범위·절차 등에 관하여 업무협약*을 체결하여 운영 중에 있습니다. * 법인지방소득세 특별징수세액 정산업무 협약(시·군·구의 위임을 받은 17개 시·도 간 체결) - 즉, ｢지방세법｣ 제103조의62제1항에 따르면 법인지방소득세의 납세지에 관하여 특별징수세액의 납세지와 확정신고 시의 납세지가 상이한 경우 특별징수세액 정산을 거쳐 최종적인 납세지는 확정신고 시의 납세지 관할 지방자치단체가 된다고 볼 수 있습니다. ○ 법인지방소득세의 특별징수세액 정산을 위한 특례의 외국법인 적용여부 - 외국법인의 특별징수세액 정산에 대해서는 내국법인과는 달리 ｢지방세법｣에 별도로 규정을 두고 있지 않으나 같은 법 제103조의51에 따라 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 대하여는 제9절(외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세)에서 규정하는 것을 제외하고는 제6절(내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세) 및 「법인세법」 제97조를 준용하고 있으므로 외국법인도 ｢지방세법｣ 제6절에 따른 내국법인의 각 사업연도 소득 규정 및 이에 대한 보칙인 특별징수세액 정산에 대한 특례를 적용하여야 할 것입니다. ○ 결론 - 이를 종합하여 살펴보면, 외국법인도 내국법인과 같이 특별징수세액 납세지와 확정신고 납세지가 다를 경우 특별징수세액정산의 특례를 적용하여 확정신고 당시의 납세지 관할 자치단체의 장에게 정산하여야 하고, - 해당 외국법인의 법인지방소득세 확정신고에 따른 특별징수세액에 대한 환급 또한 확정신고 할 때의 납세지 관할 지방자치단체의 장이 하여야 할 것으로 판단됩니다.