특별관리지역으로 변경된 토지의 분리과세 적용 요건에 대한 질의 회신

<질의요지>「지방세법 시행령」제102조제10항은 개발제한구역의 임야가 특별관리지역으로 변경된 경우 분리과세대상으로 규정하고 있는데, 해당 규정을 적용할 때에도 같은 법 시행령 제102조제9항의 소유요건을 충족해야 하는지 여부 <회신내용> ○「지방세법」제106조제1항제3호나목에서는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 토지를 분리과세대상 토지로 규정하고 있고,「지방세법 시행령」제102조제2항제5호에서「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」에 따른 개발제한구역의 임야를 분리과세대상 토지로 규정하고 있으며, 같은 조 제9항은 그 구체적 범위를 개발제한구역 안의 임야는 1989년 12월 31일 이전부터 소유(1990년 1월 1일 이후에 해당 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정하고 있습니다. -「지방세법 시행령」제102조제9항에서 분리과세대상 임야의 소유시기를 제한한 취지는, ‘1990년 1월 1일에 토지의 과다보유 억제, 토지수급의 원활화 도모를 위해 도입된 종합토지세(토지를 소유자별로 합산하여 누진세율을 적용)로 인해 토지보유에 대한 세부담이 상승하였는데, 종전부터 개발제한구역 내 임야 등 사실상 처분에 제한을 받는 토지를 소유하여 오던 자들의 경우에는 종합토지세가 시행된 후에도 그 토지의 처분이 용이하지 아니하여 이를 계속 소유할 수밖에 없어 토지과다보유 목적이 없음에도 불구하고 고율의 누진세를 부담하게 되는 예상 밖의 불이익이 따르게 되자 종합토지세 시행 이전부터 소유하여 온 경우에 한하여 세부담의 불이익을 덜어주기 위한 것으로, 종합토지세의 시행 이후에 새로이 취득하는 경우에는 위 세제상의 불이익이 따르는 것을 알고도 취득한 것으로 보아 분리과세대상에서 제외되는 것’(대법원 2000.8.22. 선고 99두1328 판결 참조)입니다. ○ 「지방세법 시행령」제102조제10항제1호에서는 제2항을 적용할 때,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제4조에 따른 공익사업의 구역에 있는 토지로서 같은 법에 따라 사업시행자에게 협의 또는 수용에 의하여 매각이 예정된 토지 중「택지 개발촉진법」등 관계 법률에 따라「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군관리계획 결정이 의제되어 용도지역이 변경되거나 개발제한구역에서 해제된 경우에는 그 토지가 매각되기 전(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제40조제2항에 따라 보상금을 공탁한 경우에는 공탁금 수령일 전을 말한다)까지 계속하여 분리과세 대상 토지로 한다고 규정하면서, 제2호에서 제1호에 따라 매각이 예정되어 있던 토지 중 특별관리지역으로 변경된 경우 그 토지가 특별관리지역에서 해제되기 전까지 계속해서 분리과세 대상 토지로 한다고 규정하고 있습니다. - 위 규정에 따르면,「지방세법 시행령」제102조제10항제2호는 제2항제5호를 적용할 때 ‘개발제한구역의 임야’가 공익사업의 구역에 있는 토지로서 사업시행자에게 매각이 예정되었던 토지 중 개발제한구역에서 해제되었다가 공익사업의 추진이 취소되어 특별관리지역으로 변경된 경우, 그 토지에 대해서는 특별관리지역에서 해제되기 전까지 계속하여 분리과세대상 토지로 한다는 것으로써, 종전부터 개발제한구역의 임야를 소유하여 분리과세를 적용받던 납세자의 토지가 특별관리지역으로 변경되어 세부담이 급증하는 것을 방지하기 위한 것입니다. - 따라서,「지방세법 시행령」제102조제10항제2호에 따라 특별관리지역으로 변경된 ‘개발제한구역의 임야’를 분리과세대상 토지로 적용함에 있어서도 같은 법 시행령 제102조제9항의 소유요건을 충족하여야 합니다. ○ 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자인 지방자치단체의 장이 구체적인 사실관계를 토대로 최종 판단하여야 합니다.