사회복지법인이 경영하는 의료기관 관련 감면 적용 여부 질의 회신

【질의요지】 • (질의1) 「지방세특레제한법」제22조제6항에 의한 사회복지법인이 경영 하는 의료기관에 ‘장애인 의료재활시설’이 포함되는지 여부 • (질의2) 「지방세특레제한법」제22조제3항에 따른 사회복지법인에 대한 주민세 면제를, 같은 법 같은 조 제6항에 따른 ‘사회복지법인이 경영하는 의료기관’에 대해서도 적용되는지 여부 【회신내용】 ○ 「지방세특례제한법」제22조제1항 내지 제5항에서 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인등이 해당사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등 지방세의 감면에 관하여 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제6항에서 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 취득세 등 지방세를 경감한다고 규정하고 있습니다. ○ 또한, 「사회복지사업법」 제2조제1호에서 ‘사회복지사업’이란 「장애인복지법」등에 따른 의료복지 등에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 복지시설의 운영 또는 지원 등을 목적으로 하는 사업을 말한다고 규정하고 있고, - 「장애인복지법」제58조제1항제4호에서 장애인복지시설의 종류로 ‘장애인 의료재활시설’을 열거하면서, 같은 법 제59조제5항에서 장애인 의료재활시설의 설치는 「의료법」을 따른다고 규정하고 있으며, - 「의료법」제3조 제2항 제3호 라목에서 「장애인복지법」제58조제1항제4호에 따른 장애인 의료재활시설을 의료기관 중 하나인 요양병원에 포함하여 규정하고 있는바, - ‘장애인 의료재활시설’로 신고한 경우라도 「의료법」에 따라 공중 또는 특정다수인을 위하여 의료업을 영위하기 위한 의료기관의 실질을 갖추고 있는 것이므로 「지방세특례제한법」제22조 제6항에 따른 ‘사회복지법인이 경영하는 의료기관’에 해당된다고 판단됩니다. (질의2) ○ 「지방세특례제한법」제22조제3항에서 사회복지법인등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대해서는 등록면허세를, 사회복지법인 등에 대해서는 주민세 재산분 및 종업원분을 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제6항에서 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 의료기관을 경영하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대해서는 취득세 등 지방세를 경감한다고 규정하고 있는바, 조세법규 엄격해석 원칙 등에 비추어볼 때, 사회복지법인 등에 대한 주민세 재산분 및 종업원분 면제 규정에도 불구하고 ‘사회복지법인이 경영하는 의료기관’에 대해서는 「지방세특례제한법」제22조제6항에 따른 취득세 및 재산세 경감을 적용하도록 규정하고 있으므로, 같은 법 같은 조 제3항에 따른 주민세 면제가 적용되지 않는다 할 것입니다.