잔여감면기간이 남은 경우 지방소득세 독립세 전환 후에도 감면이 가능한 지 여부 질의 회신

【질의요지】 지방소득세 독립세 전환 전 장래 일정기간 동안 법인세와 지방소득세에 대한 감면결정을 받은 경우, 법 개정으로 과세표준이 변경된 이후(법인세액의 10% → 법인세 과세표준 × 법인지방소득세 표준세율)에도 잔여감면기간에 대해 법인지방소득세 감면이 가능한 지 여부 【회신내용】 ○ 舊「지방세법」은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 법인세액으로 정하고 있었으나, 법인지방소득세로 독립세전환 됨에 따라 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정된 것 이후의 지방세법은 그 과세표준을 법인세 과세표준으로 규정하고 있으며 당해 개정법률 부칙 제15조는 일반적 경과조치 규정으로써 개정법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 한바, - 이에 따르면 위 개정이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 계산하려면 위 일반적 경과조치의 적용이 가능한 경우라야 한다고 할 것입니다. ○ 일반적 경과조치 규정과 관련하여 대법원은 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 이후에는 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있는바(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결; 2004. 12. 9. 선고 2003두13076 판결; 2004. 11. 25. 선고 2003두12929 판결; 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 다수), - 종전 이 사건 납세자가「조세특례제한법」제121조의2(외국인투자에 대한 조세감면)에 의해 법인세 감면을 받은 결과 그 감면이후의 법인세 결정세액을 과세표준으로 하여 법인세분 지방소득세를 산정할 수 있었다고 하더라도, - 당해 규정은 그 조문에 의해 법인세 감면을 받던 자가 향후 이 사건 과세표준 변경 등 법인지방소득세와 관련한 과세요건을 충족하더라고 특정기간 간에는 특히 그 지방세감면을 한다는 취지로 정한 바는 없고, - 舊 「지방세법」(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 이전의 것) 제89조의 경우에도 법인세분 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10이라고 하여 그 과세표준이 법인세액임을 정하고 있었다고 하여도, - 그 외 당해 종전 규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용의 정함은 없었던 것으로 - 위 법률개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 이후에도 종전의 과세표준을 적용하여 계산하기 위한 일반적 경과조치 적용기준의 충족이 있었다고 보기는 어렵다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세관청에서 구체적인 사실관계 등을 확인하여 판단하여야 할 것입니다.