기업도시 사업시행자에 대한 법 개정시 감면율 적용 방법 관련 질의 회신

【질의요지】 기업도시개발 사업시행자가 사업 영위 도중 법령 개정으로 감면비율이 인하된 경우, 새로이 취득한 부동산에 대해서도 개정 전의 감면비율을 적용할 수 있는지 여부 【회신내용】 ○ 「조세특례제한법」(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 이전의 것) 제121조의17 제1항 제2호에서는 기업도시개발사업 시행자가 하는 사업으로서「기업도시개발 특별법」 제2조제3호에 따른 기업도시개발사업으로서 총개발사업비가 1천억원 이상인 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, - 동법 제3항에서 제1항에 따른 감면대상 사업을 하기 위하여 취득 · 보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 지방자치단체가 15년의 범위에서 감면비율 · 공제비율과 감면기간 · 공제기간을 「지방세특례제한법」제4조에 따라 조례로 정할 수 있다고 규정하고 있으며, - 전라남도 도세 감면조례( 2010. 12. 27. 개정되기 이전의 것) 제33조의2 제1항에서는 「기업도시개발특별법」에 의한 사업시행자가「조세특례제한법시행령」제116조의21 제2항에 따라 투자하는 경우로서 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 개발계획 승인일부터 15년간 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있습니다. - 또한 「조세특례제한법」부칙(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제64조에서는 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 지방세 개정 관련 일반적 경과조치를 규정하고 있습니다. ○ 제시된 사실관계를 살펴보면 2010년 1월에 기업도시개발계획 승인을받고 사업시행자로 지정되어 2013년 2월에 기반시설 조성공사 착공하여 2017년 8월에 공유수면 매립을 원인으로 기업도시개발 조성사업 토지를 취득한 것으로 나타나고 있고, - ' 16년 기업도시개발사업 시행자에 대한 감면이「조세특례제한법」에서「지방세특례제한법」으로 이관되면서 ‘ 16. 1. 1부터 해당 감면비율이 종전 면제에서 100분의 85로 축소된 것을 확인할 수 있습니다. ○ 살피건대 세법이 개정된 경우에는 개정된 세법 부칙이 ‘ 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 … 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다 ’ 라는 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로 마땅히 구법을 적용하는 것이 합리적이라 할 것입니다. ○ 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등을종합적으로 고려할 때, 기업도시개발사업시행자로 지정되었을 때 전라남도 도세 감면조례 제33조의2 제1항에서는「기업도시개발특별법」에 의한 사업시행자가 취득하는 부동산에 대하여는 개발계획 승인일부터 15 년간 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으므로, - 당해 토지의 감면비율은 현행 법령을 적용하는 것이 아니라 납세의무 성립당시의 법령이 적용되어야 하므로 해당토지에 대한 감면비율은 기업도시개발계획 승인일부터 15년간은 면제하는 것이 타당하다 할 것입니다.