농업법인 설립 이후 설립요건 미충족시 추징대상 여부 관련 질의 회신

【질의요지】 ○ 농업법인을 설립하여 농지 취득시 감면을 받고 영농 목적으로 사용하고 있으나 추징 유예기간 내에 설립요건을 미충족하게 된 경우 추징 여부 【회신내용】 ○ 「지방세특례제한법」제11조 제1항에서「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 하면서, 같은 조 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우, 제3호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우를 규정하고 있습니다. ○ 한편,「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조 제1항에서 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는「농업·농촌 및 식품산업 기본법」제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다고 규정하고 있습니다. ○ 이러한 농업법인에게 취득세 등을 면제하는 입법취지는 농민의 소득을 증대하고 국민에게 안전한 농산물과 식품의 안정적 공급을 통한 경쟁력 있는 농업법인 육성을 위한 것이며, 그 조문에서 감면된 취득세 등을 추징하기로 한 것은 조속한 영농착수와 가공·유통 건축물 건립을 독려함과 동시에, 그 외에 부동산의 시세 차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있다 할 것입니다. ○ 살피건대 「지방세특례제한법」제11조에서 규정하고 있는 농업법인중 영농조합법인은 조합원이 5인 이상이 되어야 설립이 가능하고, 영농조합법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면한다고 규정하고 있는 바, 영농조합법인의 조합원의 수가 설립요건인 5인에서 3인으로 변경되었다고 하더라도 영농조합법인은 감면대상 부동산 취득 당시 감면요건을 충족하였다고 할 것입니다. ○ 한편, 추징은 일단 감면 요건에 해당하면 그 세액을 감면한 후에 당초의 감면취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것(대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 참조)이며 「지방세특례제한법」제11조 제3항에서 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 및 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우에만 취득세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 영농조합법인의 조합원의 수가 설립요건인 5인에서 3인으로 변경된 것은 「지방세특례제한법」제11조 제3항에서 규정한 추징요건에는 해당하지 않는다고 할 것입니다. ○ 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등에 비추어 볼 때, 영농조합법인을 설립하여 부동산 취득시 감면을 받고 영농 목적으로 사용하면서 추징 유예기간 내에 조합원의 수가 5인에서 3인으로 변경되어 영농조합법인의 설립요건을 미충족하게 되었다고 하더라도, 부동산 취득 당시 감면요건을 충족하였고 감면요건을 충족한 이후 사후관리 측면에서 영농조합법인의 설립요건 미충족 사유를별도의추징규정을 두고 있지 않는 한 감면된 취득세를 추징할 수 없다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세관청에서 구체적인 사실관계 등을 확인하여 판단하여야할 사항입니다. 끝.