일부 토지를 연부취득 중인 기업부설연구소· 부칙· 적용·여부 관련·질의 회신

【질의요지】 ○ 일부 토지는 취득하고 일부 토지는 연부취득 중이면서 기업부연구소 인정받은 경우 부칙 유예기간 범위로 보아 감면할 수 있는지 여부 【회신내용】 ○「지방세특례제한법」(법률 제12955호, 2014.12.31. 개정된 것) 제46조에서 규정하고 있는 기업부설연구소에 대한 감면취지는 R&D 산업의 지원 및 기업 연구조직을 효율적으로 육성·지원하기위해 일정요건을 갖춘 기업의 부설연구소에 대한 세제지원을 통해기업의 기술개발 활동을 촉진을 목적으로 신설되었으나, ○ 기업부설연구소 감면조문이 장기간의 감면에 해당하고, 당초감면 신설 후 양적 성장으로 인한 감면 목적 달성되었으며, 기업의 담세력 등을 고려할 때 감면정비가 불가피함에 따라,‘14.12.31. 중소기업의 지원 강화 및 지역균형발전 차원에서 취득세와 재산세의 감면율을 중견기업·대기업의 경우 50%, 중소기업은 75%, 과밀억제권역 내 대기업의 기업연구소는 25%로 각각 차등적용 되도록 일부 개정되었습니다. ○ 한편, 감면율이 축소되고 차등화 되는 과정에 대한 경과조치로 「지방세특례제한법」부칙 제24조에서 경감세율 특례조항을 마련하여, 이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지…(중략)…기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다고 규정하였으며, 이는 부동산을 취득하여 연구소 설치를 준비하고 있던 기업들이 감면율 축소로 급격히 세부담이 증가하는 것을 완화하기 위해 한시적 경과 규정을 둔 것이라 할 것입니다. ○ 제시된 사실관계를 살펴보면,'11.2월에 일부의 토지를 취득하고,'11년부터 일부의 토지를 연부로 취득 중에 있으며, '15.8월에 건축물 사용승인을 받고 '15.10월에 기업부설연구소로 인정을 받았습니다. ○ 살피건대, 부칙 제24조는 부동산을 취득하여 연구소 설치를 준비하고 있던 기업들이 감면율 축소로 인해 급격히 세부담이 증가하는 것을 완화하기 위한 한시적 경과 규정이고,이 법 시행 전에 기업부설연구소를 설치·운영하기위한 시설을 갖추는 준비 기간을 거쳐 기업부설연구소로 인정받을 예정인 자에게 취득세 75%를 경감하기 위한 자격을 규정한 것이며, ○ 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득 당시 일단 취득세를 면제받고, 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소 인정을 받는 경우 비로소 그 인정받은 것에 대해 취득세 감면 범위를 확정하도록 규정하고 있는 사후적 감면이라 할 것입니다. ○ 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등에 비추어 볼 때, 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 일부 토지는 취득하고 일부 토지는 연부취득 중에 해당한다 하더라도 부칙 제24조에서 규정한 입법취지와 사후적 감면이라는 점을 감안할 때 유예기간 이내에 「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소 인정받은 경우라면 그 부동산에 대해서 부칙 제24조를 적용하는 것이 타당하다고 보여지므로 감면대상이라고 사료됩니다. 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세관청에서 구체적인 사실관계 등을 확인하여 판단할 사안 입니다. 끝.