법인 물적분할 후 역합병에 대한 취득세 추징여부 관련 질의 회신

【질의내용】 물적 분할에 따른 신설 법인이 舊조특법 제120조에 따라 취득세를 감면받은 후 모회사를 역합병한 경우 취득세 추징대상 해당 여부 【회신내용】 가. 구 ·조세특례제한법·(2011. 12. 31. 법률 제1133호로 개정되기 이전의 것) 제120조제1항제6호에서는「법인세법」제46조 제2항 각 호(물적분할인 경우에는 같은법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하면서, 나. 그 단서에서는「법인세법」제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은법 제47조 제3항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 이 같은 감면의 입법취지는 적격분할에 대해 피분할법인에게는 취득세를 면제하면서 분할법인에게는 법인세 과세이연을 허용하여 규정하여 기업의 구조조정 지원을 위해 신설된 감면이라 할 것입니다. 다. 더불어서「법인세법」제47조 제3항 제2호에서는 추징요건에 대하여 ‘분할 법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우’라고 규정하고 있고, 같은 항 단서에서는 ‘다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제84조 제9항에서는 ‘대통령령으로 정하는 부득이한 사유’는 법 제47조 제3항 제2와 관련된 경우에는 분할법인이 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우라고 규정하고 있고, 라. 같은법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 다목에서는 ‘해당 주주 등이 적격합병, 적격분할, 적격 물적분할 또는 적격 현물출자(법 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자를 말한다. 이하 같다)에 따라 주식 등을 처분한 경우’라고 규정하고 있습니다. 마. 한편, 사실관계를 살펴보면 감면받은 당해 법인은 2012년 9월 사업부문을 물적분할하여「조세특례제한법」 제120조 제1항 6호에 의하여 과세관청으로부터 감면을 받았고, 이후 감면받은 당해법인은 2016년 10월 적격합병을 통해 피합병 법인으로 소멸하였기 때문에 ‘분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식 등을 보유하게 되는 경우’에 해당하게 되었습니다. 바. 또한「조세특례제한법」 제120조 제6호 본문 괄호에서 규정한 ‘같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다’고 규정은 합병이 되어 발행주식이 감소하였다 하더라도「법인세법」제47조 제3항 본문 단서에서 규정한 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 추징대상에서 제외되는 것이라 할 것입니다. 사. 따라서 위 조항의 문언과 규정 취지 등에 비추어 볼 때, 사업부문을 물적분할하여 유예기간 내 모회사를 역 합병하여 보유주식을 100분의 50미만으로 보유하게 되는 경우에는 취득세 추징대상에 해당된다고 할 것이지만, 유예기간 내 보유주식을 100분의 50미만으로 보유하였다 하더라도 물적분할 이후에 해당 주주 등이 양도손익이 없는 적격합병에 따라 주식 등을 처분한 경우라면 이는 법령에서 정한 부득이한 사유에 해당되어 취득세 추징 제외대상으로 보는 것이 타당하다 할 것입니다. 다만, 이에 해당여부는 과세권자가 구체적인 사실조사 등을 통하여 최종 판단할 사안이라 할 것입니다.