폐쇄명령 받은 학교가 취득세 감몀대상 여부 질의 회신

【질의내용】 교육부로부터 학교폐쇄 및 법인해산 명령을 받은 학교법인을 취득세 감면 대상자인 학교로 볼 수 있는지 여부 【회신내용】 ○「지방세특례제한법」제41조 제1항에서는 학교, 외국교육기관을 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고, 같은 항 제2호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 추징대상으로 명시하고 있으며, 「고등교육법」제62조 제1항에서 교육부장관은 학교장이나 설립자․경영자가 고의나 중대한 과실(過失)로 명령을 위반한 경우 등 학교가 정상적인 학사운영이 불가능한 경우에는 해당 학교의 학교법인에 대하여 학교의 폐쇄를 명할 수 있다고 규정하고 있습니다. ○ 위 규정 소정의 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 마음대로 할 수 없는 외부적 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당 사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 위의 규정에서 학교가 ‘해당사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해부동산의 사용 용도가 학교사업자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘해당사업에 사용’의 범위는 당해 학교의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것입니다. ○ 살피건대, 당해 학교는「고등교육법」제62조 제1항에 따라 학교 폐쇄명령 및 학교법인 해산 명령 행정처분을 받았으나, 공고일 이후에도 학사가 정상적으로 운영되고 있을 뿐만 아니라 그 명령처분에 대한 효과에 대한 규정이 당해 법령에서 별도로 규정하고 있지 않고, 행정처분에 따른 당사자간 소송이 진행되고 있어 소송결과에 따라 행정처분이 달라질 수 있다는 점을 감안할 때, 교육부의 행정처분은 권리자의 일방적인 의사표시로 법률관계의 변동(권리의 발생․변경․소멸)을 일어나게 하는 권리의 의미로 보는 것이 해석함이 상당하다 할 것입니다. ○ 따라서, 위와 같은 지방세법령의 각 규정 및 관련 법리에 비추어 보면, 학교가 교육부로부터 학교 폐쇄명령 처분 및 학교법인 해산 명령의 행정처분을 받은 이후에도 당해 학교가 학사가 정상적으로 운영되고, 당해 행정처분이 소송결과에 따라 행정처분이 달라질 수 있는 상태에서 부동산을 취득하여 감면받고 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 학교사업 자체에 직접 사용하는 부동산에 해당되는 경우라면, 그 부동산은 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 이에 해당하는지 여부는 과세관청에서 사실관계 등을 확인하여 판단할 사안입니다.