기업부설연구소 재산세 경감세율 특례 적용에 대한 질의 회신

이 건 부칙 조항은 2014년 12월 31일 이전 부동산을 취득한 자가 기업부설연구소를 설치하는 경우 감면율 축소로 인한 급격한 세부담 완화를 위해 한시적인 감면특례를 규정한 것이며, 비록 2014년 12월 31일 이전 인증된 기업이라 하더라도 부칙 제24조의 감면특례 적용대상(재산세 75% 감면)에 포함되는 것임. <질의 내용> ‘14.12.31. 이전 기업부설연구소 인증을 받은 상호출자제한 기업집단이 설치한 과밀억제권역 내 기업부설연구소의 재산세가 「지특법」부칙 제24조의 감면세율 특례(75% 감면) 적용대상에 해당하는지 여부 <회신 내용> ○ 「지방세특례제한법」(법률 제12955호, 2014.12.31. 개정된 것) 제46조에서 규정하고 있는 기업부설연구소에 대한 감면취지는 R&D 산업의 지원 및 기업 연구조직을 효율적으로 육성·지원하기 위해 일정요건을 갖춘 기업의 부설연구소에 대한 세제지원을 통해 기업의 기술개발 활동을 촉진을 목적으로 신설되었으나, - 기업부설연구소 감면조문이 약 34년간 장기 감면에 해당하고, 당초 감면 신설 후 양적 성장(‘82년 52개→’16년 30,000여개)으로 인한 감면 목적 달성되었으며, 기업의 담세력 등을 고려할 때 감면정비가 불가피함에 따라,’14.12.31. 중소기업의 지원 강화 및 지역균형발전 차원에서 취득세와 재산세의 감면율을 중견기업·대기업의 경우 50%, 중소기업은 75%, 과밀억제권역 내 대기업의 기업연구소는 25%로 각각 차등적용 되도록「지방세특례제한법」이 일부 개정되었습니다. ○ 한편, 감면율이 축소되고 차등화 되는 과정에 대한 경과조치로 「지방세특례제한법」부칙 제24조에서 경감세율 특례조항을 마련하여,「이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지…(중략)...기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다」고 규정하였으며, 이는 부동산을 취득하여 연구소설치를 준비하고 있던 기업들이 감면율 축소로 급격히 세부담이 증가하는 것을 완화하기 위해 한시적 경과 규정을 둔 것이라 할 것입니다. ○ 조세법률주의의 원칙상 과세 요건이나 비과세 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법 2007두9884, 2007.10.26.)고 하였는바, - 부칙 제24조에서 감면 적용특례 대상의 범위를 "이 법 시행 전에 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지 기업부설연구소를 신고하여 인정받고, 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산"이라 규정하면서 최초 인증시기에 대해서는 별도의 기간을 명시하지 않음에도, 2015년 1월 1일 이후 새로이 인증 받은 기업에 한하여 부칙에 따른 감면 적용특례 대상으로 보아 취득세, 재산세의 감면율 75%를 적용하고, 2014년 12월 31일 이전 인증된 과밀억제권내 대기업 기업부설연구소에 대하여 취득세 및 재산세의 감면율 25%를 적용하는 것은 타당하지 않습니다. ○ 따라서, 이 건 부칙 조항은 2014년 12월 31일 이전 부동산을 취득한 자가 기업부설연구소를 설치하는 경우 감면율 축소로 인한 급격한 세부담 완화를 위해 한시적인 감면특례를 규정한 것이며, 비록 2014년 12월 31일 이전 인증된 기업이라 하더라도 부칙 제24조의 감면특례 적용대상(재산세 75% 감면)에 포함되는 것이라 할 것이나, 이에 해당하는지 여부는 사실관계 등을 면밀히 검토하여 과세기관에서 판단할 사안입니다. 끝.