창업중소기업이 주민들의 반대, 행정심판, 행정소송 등으로 직접 사용하지 못한 경우 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부

【질의내용】 1) 창업중소기업이 주민들의 반대, 행정심판, 행정소송 등으로 직접 사용하지 못한 경우 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부 2) 정당한 사유가 있는 경우‘감면 유예기간’의 산정 기준일 【회신내용】 1) 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부 ○ 「조세특례제한법」(법률 제11486호, 2012.10.2. 이하 같다) 제120조제3항에서는 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것으로 규정하고 있음 ○ 일반적으로 ‘정당한 사유'란 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 및사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것임 (대법원 1995.12.8. 95누5257 판결, 대법원 2009.1.15. 2006두14926 판결 등 참조) ○ 따라서 이건의 경우, 토지 취득 전 공장사업계획승인을 받고 토지 취득 후 부지 조성 공사 및 공장 신축사업 주민 설명회를 한 점, 인근 주민의 「공장 설립승인 취소 촉구」주민 기자회견 및 행정심판 청구를 한 점, 건축허가 신청하였으나 충청북도 행정심판위원회의 재결(사업계획승인 처분 취소) 후 건축허가 신청이 반려된 점, 행정소송 제기(행정심판 재결 취소 청구의 소)하고 현재 행정소송이 진행 중인 점 등 일련의 과정을 고려하여 위 기준에 따라 과세권자가 사실조사 등을 통하여 판단할 사안이라 할 것임. 2) 정당한 사유가 있는 경우로 보는 경우 ‘감면 유예기간’의 산정 기준일 ○「조세특례제한법」제120조제3항에서는 창업중소기업이 사업용 재산 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것으로 규정하고 있음 ○「조세특례제한법」제120조제3항 규정에 의하여 면제된 취득세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 2년의 경과도 포함되므로, 창업중소기업이 부동산을 취득한 날로부터 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 2년이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 2년이 경과한 날이 되는 것은 아니라 할 것임(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 참조) ○ 따라서, 추징을 위한 과세기준일에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하거나 직접 사용하는 경우 중 어느 하나에 해당하는 경우라면 추징대상에 해당하지 않는다 할 것이고, 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 소멸한 날부터 유예기간을 별도로 산정하여 과세기준일을 정할 수는 없다 할 것임.