국립대학법인 서울대학교가 국가로부터 재산을 무상양여 받은 경우 그 재산에 대한 취득세 납세의무가 있는지 여부 및 유예기한(3년) 내 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있는지 여부

【질의내용】 국립대학법인 서울대학교가 국가로부터 재산을 무상양여 받은 경우 1) 그 재산에 대한 취득세 납세의무가 있는지 여부 2) 유예기한(3년) 내 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있는지 여부 【회신내용】 1) 무상양여 받은 재산에 대한 취득세 납세의무 성립 여부 - ｢지방세법｣ 제6조제1호에서 "취득"의 정의를 매매, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상,무상의 모든 취득으로 규정하고 있고, - ｢지방세법 시행령｣ 제20조제1항에서는 ‘무상승계취득의 경우에는 그 계약일에 취득한 것으로 보고, 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다’ 라고 규정하고 있고, ｢지방세법｣ 제7조제1항에서는 ‘취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다’ 라고 규정하고 있음. - 부동산 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서, 부동산 취득자가 그 부동산을 사용․수익․처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로, ｢지방세법｣ 제6조제1호의 "부동산 취득"이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석됨(대법원 2005두9491 2007.4.12. 판결 참조) - 따라서, 국립대학법인 서울대학교가 국가로부터 권리․의무를 포괄적으로 승계하였다고 하더라도「국립대학법인 서울대학교 설립․운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 국가에 해당하지 아니하고, - 2012.1.2. 국가와 국립대학법인 서울대학교간에 국유재산 무상양여 계약을 체결하고, 2012.2.24. 소유권이전 등기(등기원인 2012.1.2. 양여)한 것은 ｢지방세법｣ 제6조제1호의 "취득"에 해당하므로, 국립대학법인 서울대학교는 같은 법 제7조제1항에 따라 취득세 납세 의무가 있음. 2) 서울대학교가 국가로부터 재산을 무상양여 받은 재산을 유예기한 내 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는지 여부 - ｢지방세특례제한법｣ 제41조제1항에서는 「고등교육법」에 따른 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하는 것으로 규정하고 있음 - 위 규정에서 ‘정당한 사유'란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것임 (대법원 1995.12.8. 95누5257 판결, 대법원 2009.1.15. 2006두14926 판결 등 참조) - 따라서 정당한 사유 유무는 법령에 의한 금지․제한, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력 유무, 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, - 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실조사 등을 통하여 직접판단할 사안이라 할 것임.