종교단체가 유예기간내 소속재단에 증여시 추징대상 여부에 대한 질의회신

종교단체가 2012.6. 1. 부동산을 취득하여 종교용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 소속된 종교단체유지재단에 증여한 후, 계속하여 당해 종교단체가 사용하는 경우 감면받은 취득세의 추징대상 여부 가. 「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부 개정된 것) 제50조 제1항에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호는 수익사업에 사용하는 경우, 제2호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 제3호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우로 규정하고 있는 한편, 같은 법 부칙 제1조에서 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다(단서생략)고 규정하고 있고, 제2조에서 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있습니다. 나. 위 단서 추징규정은 2011.12.3 1. 세분하여 각 호별로 적용되도록 개정(2012.1. 1. 시행)되었는 바,‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’의 제3호에는 ‘정당한 사유’에 대한 규정이 없습니다. 다. 따라서 당해 종교단체가 계속하여 종교용도로 사용하는 경우라도 귀문과 같이 2012.1. 1. 이후 취득하여 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 증여로 인하여 위 제3호에 해당되는 경우는 그 사유가 어떠하든지 간에 취득세 감면세액 추징대상에 해당된다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당 여부는 당해 과세권자가 관련자료 및 사실관계를 조사하여 최종 결정할 사안이라고 할 것입니다. 끝.