기업연구소용 부동산의 부과제척기간 기산일에 대한 질의회신

1. 경기도 세정과-5326(2013.02.28)호와 관련입니다. 2. (질의요지) 공용부분을 안분하여 기업부설연구소용으로 사용하였지만 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받지 못한 부분의 부과제척기간 기산일 3. (회신내용) 가.구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 「기술개발촉진법」 제7조제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있는 한편, 부과제척기간 기산일과 관련하여 같은 영 제14조의2 제2항제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있습니다. 나. 위 규정 취득세 등 감면대상 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이란 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 감면 유예기간(4년) 내에 기업부설연구소로 인정을 받은 후 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다고 할 것인 점, 본점과 공동으로 사용하는 공용부분라도 연구소용으로 안분하여 직접 사용하는 부분은 4년 이내에는 언제든지 연구소 전용으로 구분하여 인정(또는 추가 인정)받을 수 있다고 할 것인 점(구행정안전부 지방세운영과-1311, 2012.4.30. 참조), 구 지방세법시행령 제14조의2 제2항 제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날 즉, 지방세 부과제척기간 기산일로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받을 것이라는 사후 감면요건을 충족하지 못하여 추징대상이 되는 경우의 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간이 경료한 그 신고납부기한(30일)의 다음날로 봄이 타당하다고 할 것입니다. 다만, 이에 해당 여부는 당해 과세관청이 관련자료 및 사실관계 등을 면밀하게 검토하여 결정할 사안이라고 할 것입니다. 끝.