농공단지 대체입주 휴·폐업된 공장 여부에 대한 질의회신

1. 전라북도 세무회계과-16092(2011.7.29)호와 관련입니다. 2. (질의요지) 취득일 현재 전전소유자가 공장을 영위하고 있는 경우로서 매도자(전소유자)는 공장 가동사실이 없으나 휴·폐업 신고를 하지 아니한 경우 당해 공장을 농공단지 대체입주 ‘휴·폐업된 공장’으로 볼 수 있는지 여부 ※ 관련 사실관계 ○ ‘05. 3.25. : A법인이 농공단지내 공장 취득 ○ ‘05. 4.14. : A법인이 농공단지 공장에 입주계약 체결 ○ ‘07. 5. 1. : B법인이 당해 공장에 사업자등록 ○ ‘07.12.28. : B법인이 당해 공장을 경매로 취득 - 농공단지 입주계약이나 공장등록한 사실이 없음 ○ ‘09. 5.29 : C법인이 영어조합으로부터 공장 소유권 이전 ○ ‘09.6.23. : 농공단지 입주계약 변경 확인서 교부 - 사유/내용 : 사업양수도 / A법인 → C법인 ○ ‘09.12.31. : B법인 공장 폐업신고 ○ ‘10. 1. 7. : A법인 공장 폐업신고 3. (회신내용) 가. 구 전라북도도세감면조례(2009.12.28. 조례 제3453호로 개정되기 이전의 것) 제28조에서 농공단지에 대체입주 하는 자(휴·폐업된 공장에 대체입주 하는 자에 한정한다)가 취득하는 해당 농공단지내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고 부가가치세법시행령 제10조 제1항에서 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 법 제5조 제1항 단서에 따라 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 지체없이 휴업(폐업)신고서에 사업자등록증과 폐업신고확인서를 첨부하여 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하는 한편, 같은법 시행규칙(2009.3.26. 기획재정부령 제62호로 개정되기 이전의 것) 제5조제3항 및 제6조제2항에서 휴·폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 휴·폐업일로 본다고 규정하고 있습니다. 나. 위 사실관계와 같이 취득일 현재 매도자(전소유자)의 휴·폐업 신고와 별개로 공장 가동사실이 없다고 하더라도 당초 전전소유자인 A법인의 폐업신고가 C법인 공장 취득일(2009.5.29) 이후에 관할 세무서에 접수(2010.1.7)된 점, 또한 A법인에서 C법인으로 농공단지 입주계약 변경의 경우도 C법인 공장 취득일(2009.5.29) 이후에 이루지고(2009.6.24), 그 입주계약 변경의 사유도 사업양수도를 원인으로 하고 있는 점, 부가가치세법시행규칙 제5조제3항 및 제6조제2항에서 휴·폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 휴·폐업일로 본다고 규정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, C법인의 공장 취득일에 당해 공장이‘휴·폐업된 공장’이라고 보기는 어렵다고 할 것입니다만, 이에 해당되는지 여부는 당해 과세권자가 사실관계 등을 조사하여 최종 판단할 사항입니다. 끝.