장학법인 임대부동산 수익금 감면범위에 대한 질의회신

1. 서울특별시 세제과-103242(2011.5.9)호와 관련입니다. 2. (질의요지) 장학법인의 임대수입금 중 장학사업에 사용한 금액 이외의 금액에 대해 감면을 배제해야 하는지와 임대부동산 수익금을 아래와 같이 회계처리한 경우 장학사업에 사용한 금액의 인정 범위 〈 임대부동산 수익금의 회계처리 현황 〉 합 계 장학금 지급액 장학금 지급 일반 관리비 임대 부동산 일반 관리비 목적사업 중 도서관 건립비 100% 30% 20% 27% 23% 3. (회신내용) 가. 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정 이전까지의 것)제288조 제5항에서 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감받은 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있습니다. 나. 위 규정에서 감면받은 취득·등록세에 대하여는 사후관리를 통해 추징하도록 규정하고 있는 바, 추징요건인‘그 용도에 사용하지 아니하는 경우’라 함은 임대용부동산에서 발생한 임대소득을 장학사업에 사용하지 아니한 경우라고 보는 것(행정안전부 2009.3.24. 지방세운영과-1187호 유권해석 참조)이므로 장학사업에 사용한 금액 이외의 금액은 감면을 배제하는 것이 타당하다고 할 것입니다. 다. 또한, 장학법인의 임대부동산 수익금 중 장학사업에 사용한 금액에는 장학금 마련을 위해 필요한 임대부동산의 일반관리비(건물 유지·관리비, 직원인건비, 제세공과금 등)와 장학금 지급에 수반되는 일반관리비(직원인건비 등)뿐 만 아니라, 목적사업인 장학사업의 일환으로 당해 장학생들의 학습지원만을 위해 사용되고 무료로 제공되는 경우라면 전자도서관 설립비도 장학사업에 사용한 금액으로 인정함이 타당하다고 할 것입니다만, 이에 해당되는지 여부는 당해 과세권자가 사실관계 등을 면밀히 조사하여 최종 판단할 사항입니다. 끝.