외국법인의 법인세분 지방소득세 환급권자에 대한 질의 회신

1. 경기도 세정과-5675(‘11.3.16)호 관련입니다. 2. 질의내용(요약) ○ 국내 고정사업장이 없는 외국법인(A)이 보유하던 국내법인의 주식을 국내거주자(B)에게 양도함에 따라 국내거주자(B)가 외국법인(A)의 법인세를 원천징수하여 납부한 후 - 외국법인(A)이 주식양도차익에 대한 법인세를 직접 경정청구하여 환급받았을 경우 법인세분 지방소득세 환급권자는 원천징수의무자(B)인지 당초 납세의무자(A)인지 여부 3. 회신내용 ○ 지방세법 제96조 제1항에서 법인세 원천징수의무자가 법인세를 원천징수하는 경우에는 법인세분 지방소득세도 동시에 원천징수하도록 규정하고, 이 경우 "원천징수의무자"를 "특별징수의무자"로 보도록 규정하면서, 동법 시행규칙 제42조 제2항에서 특별징수의무자가 특별징수하여 납부한 지방소득세 중 과오납된 세액이 있는 경우에는 그 특별징수의무자가 특별징수하여 납부할 지방소득세에서 조정하여 환급하도록 규정하고 있고, 동법시행령 제42조 제3항 제2호에서 납세자가 조정·환급을 원하지 아니하여 납세자가 특별징수의무자를 경유하여 시·군에 환급을 신청하거나 해당 특별징수의무자가 시·군에 환급을 신청하는 경우는 조정 환급하지 아니하고 해당 지방소득세가 과오납된 시군에서환급하도록 규정하고 있음 ○ 따라서 당해법인이 주식을 양도하여 양수인이 국외소재 양도법인의 법인세분 지방소득세를 원천징수하여 해당 자치단체에 납부한 후 외국법인이 직접 법인세를 경정청구함에 따른 환급세액이 발생하여 부가세인 법인세분 지방소득세 환급액이 발생한 경우 해당 지방소득세가 과오납된 시군에서 특별징수의무자가 시군에 환급신청하는 경우에는 특별징수의무자에게 환급함을 원칙으로 하여야 하고 - 예외적으로 납세자가 조정환급을 원하지 아니하여 특별징수 의무자를 경유하여 시군에 환급신청하는 경우에는 법인세 납세자에게 직접 환급할 수 있는 것으로 사료됨. 끝.