의료법인이 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유 관련 질의회신

1. 경기도 세정과-26729(2010.12.16)호와 관련입니다. 2. (질의내용) 의료법인이 의료업에 사용하기 위하여 취득한 부동산이 유치권자와의 협의 지연, 행정관청의 교통영향분석 심의 보완 등 행정절차상의 지연 등으로 1년 이내 직접 사용하지 못한 경우 “정당한 사유”에 해당되는지 여부 3. (회신내용) 가. 구「지방세법」제287조제2항 본문 단서에서 취득세와 등록세를 면제받은 토지를 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, - 의료법인이 이 건 부동산을 2009.11.16일 경매로 취득한 후 기존 건물을 리모델링하여 암센터병원과 종합병원으로 사용하기 위하여 유치권 점유자와의 인도 및 명도소송 진행, 병원설립을 위한 정관변경 및 보건복지부 허가 취득, 인력채용, 건축허가 협의 및 석면해체·제거 작업 등 병원개원을 위한 일련의 필요한 절차를 진행하고 있으나, 취득일로부터 1년 경과시점인 2010.11.15 까지 의료업에 직접 사용하지 못하고 있음. 나. 구 지방세법 제287조 본문의 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득목적에 비추어 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유업무에 사용할 수 없는 법령상 또는 사실상의 장애사유와 장애정도, 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로,(대법원 2009.1.25선고, 2006두 14296) 다. 의료법인은 이 건 부동산을 취득하기 전에 이 건 부동산에 유치권 설정여부, 기존 입주업체의 퇴거의 어려움, 20년된 건물의 리모델링을 현행 건축관련 법규 등에 맞추어 진행하기 위한 건축설계의 어려움 등을 알 수 있던 상황에서 이 건 부동산을 취득한 것으로 이러한 장애사유는 취득시점에 이미 인지하여 사전에 충분히 해소할 가능성이 있었다고 할 것이고, - 건축허가시 교통영향평가 관련 심의 과정에서 주차장 등 교통개선대책 요구가 법령에 위반된 요구라 할 수 없으므로, 행정절차상 지연 사유가 행정관청의 귀책사유 이거나 예측하지 못한 특별한 사정에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이며 라. 이 건 부동산에 대하여 기존 점유자 퇴거, 건축허가 심의서 제출, 병원설립을 위한 정관변경 및 보건복지부 허가, 인력충원, 석면 해체 공사 등은 목적사업에 직접 사용하기 위한 준비과정에 불과할 뿐이고, - 유치권 점유자와의 협의지연, 건축설계의 어려움, 행정관청의 교통개선 대책요구 등 이러한 사유만으로는 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”가 있다고 볼 수 없다 할 것이나, 과세권자가 해당 의료법인의 진지한 노력여부 등 사실관계를 확인하여 판단할 사항입니다. 끝.