아파트형공장을 신탁으로 설립시 감면분 추징해당 여부 관련 질의회신

1. 서울시 세제과-11207(2010.9.13)호와 관련입니다. 2. (질의요지) 서울시내에 아파트형공장 설립을 목적으로 A사 명의로 토지를 취득하여 취·등록세를 면제받은 후, 이를 B신탁회사에 신탁하고 B명의로 공장을 완공하여 소유권보존등기한 경우, A사가 당초 목적대로 공장을 설립하지 아니하였다는 이유로 기 면제받은 취·등록세를 추징할 수 있는 지 여부 3. (회신내용) 가. 「지방세감면표준조례」제22조 제1항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 아파트형공장의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다(단서생략)고 규정하고 있는 반면, 「서울시세감면조례」제21조제1항은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다, 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 또는 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양ㆍ임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있습니다. 나. 지방세감면표준조례와 달리 서울시는 아파트형공장 설립을 유도하고자 (구)행정자치부의 허가(세제과 13400-1037, 1999.11.12)를 얻어 아파트형공장 설립에 대한 취·등록세 감면요건과 관련 2000.3.31 감면조례를 개정하여 감면요건의 하나였던 취득주체를 삭제하여 별도로 운영하고 있으므로 서울시 관할 아파트형공장에 대한 취·등록세 감면대상 해당여부는 당해 감면조례 규정에 따라 판단하여야 할 것인 바, 귀문과 같이 아파트형공장 설립목적으로 A명의로 토지를 취득하여 취·등록세를 면제받은 후, 이를 신탁하여 B신탁회사 명의로 공장을 설립한 경우라도 당초 목적대로 공장을 설립하였다면, 그 취득자와 공장설립자의 변경이나 신탁 여부와 상관없이 당초 취득목적대로 사용하였기 감면대상에 해당된다고 할 것이며, 취득일(‘08.4.30)로부터 1년 이내에 공사에 착공(’08.5.23)하였던 점, 아파트형공장 사용승인일 이전에 신탁(건축주 변경 : 위탁자 → 수탁자)이 이루어 졌던 점, 사용승인일(‘10.6.10) 이후부터 현재까지 아파트형공장사업 이외의 용도로 분양·임대 또는 매각되지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때, 위 추징규정 추징요건에 저촉되지 아니한다고 할 것이므로 오로지 A명의로 토지를 취득하여 B명의로 신탁한 이후 B명의로 아파트형공장을 설립하였다는 사유만으로는 추징대상에 해당된다고 할 수 없다고 할 것이나, 이에 해당하는지의 여부는 과세권자가 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝.