분할법인의 등록세 면제 사업기간 산정기준 관련 질의회신

1. "분할법인의 등록세 면제 사업기간 산정기준"과 관련한 유권해석〔서울시 세제과-10956(2010.9.6.)호와 관련임〕내용을 통보하오니, 시도에서는 업무 추진에 참조하시기 바랍니다. 2. (질의요지) 「조세특례제한법」제119조 제1항 제10호에서 법인 분할로 인하여 취득하는 등기에 대한 등록세 감면대상을 「법인세법」제46조 제2항 제1호에서 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 분할하는 것일 것이라고 규정하고 있는 바, "분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인"의 의미가 분할등기일 이후 독립하여 분할되는 사업부문을 5년 이상 계속 영위한 것을 의미하는지, 당해 사업부문을 불문하는 당해 법인의 총 사업기간을 의미하는 것인지 여부 3. (사실관계) ○ 1994년도 : 서울에서 A법인 설립(목적사업 건축자재판매업) ○ 2008년도 : 법인등기부상 목적사업으로 부동산임대업을 추가 ○ 2008년도 : 서울시 소재 부동산 취득 (임대사업 영위) ○ 2010년도 : 임대사업부문을 독립하여 B법인을 분할 설립 - 분할방법 : 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 인적분할 4. (회신내용) 가. 「조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다)」제119조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제한다. 이 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다고 하면서 그 제10호는 「법인세법」 제46조 제2항 각 호(물적 분할인 경우에는 같은 법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만, 「법인세법」 제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조 제2항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 「법인세법」제46조 제2항에서 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 하면서 그 제1호는 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)으로 규정하고 있으며, 그 시행령 제82조의2 제2항에서 법 제46조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 분할하는 것"이란 다음 각 호의 요건을 갖추어 분할하는 것을 말한다고 하면서 그 제1호는 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것으로 규정하고 있습니다. 나. 위 「법인세법」 제46조 제2항 제1호에서 분할은 "분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것"을 요건으로 하고 있고, 여기서 "5년이상 사업을 영위한 내국법인"이란 그 분할의 주체를 법인으로 규정하고 있을 뿐, 분할하는 법인의 독립된 사업부분으로 구분하여 규정하고 있지는 아니한다고 할 것입니다. 다. 또한, 최근(2005년 이후) 유권해석 및 심사결정 사례에서도 "5년이상 사업을 영위한 내국법인"이란 분할하는 법인의 사업부분으로 구분하지 않고 그간 당해 법인이 영위한 총 사업기간으로 보고 있습니다.(서면2팀-1759, 2005.11.3. 조심 2010지0227, 2010.10.14. 결정 참조) ※ 2005년 이전 유권해석 및 심사결정 사례 - (법인의 총 사업기간을 말함) 구행자부 세정과-547, 2004.2.11, 세정13430-1222, 2002.12.24 - (당해 사업의 영위기간만을 말함) 구행자부 세정과-3620, 2004.10.20, 행심 2002-125, 2002.3.25 라. 이를 종합하여 볼 때, "5년이상 사업을 계속하였음"의 의미는 분할등기일 현재 분할법인으로부터 분할되는 독립된 사업부문으로 구분하여 말하는 것이 아니라, 당해 분할법인의 총사업 기간을 의미한다고 할 것이므로 위 사실관계와 같이 A법인에서 분할되는 부동산임대사업부문이 5년이상 사업을 영위하지 않았지만, A법인의 총 사업기간이 5년을 경과하였다면, 이는 "분할등기일 현재 5년이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인"의 요건을 충족하였다고 할 것이므로 등록세 감면대상이라고 봄이 타당하다고 할 것입니다. 마. 다만, 이에 해당 여부는 당해 과세권자가 사실조사를 통하여 최종적으로 판단할 사항이라고 할 것입니다. 끝.