대체취득 비과세 부재부동산 여부에 대한 질의회신

1. 서울특별시 세제과-7342(2010.6.16)호와 관련입니다. 2. (질의요지) 「지방세법」제109조에서 사업자의 경우 수용 등에 따른 대체취득 비과세대상이 되기 위해서는 수용물건 소재지에 사업인정고시일 1년 전부터 사업자등록을 하고 있어야 하는 바, 2008년도 「부가가치세법」개정으로 사업자단위과세제도가 도입되어 부가가치세를 본점 및 주사무소에서 일괄 신고·납부할 수 있음에 따라 사업장등록이 말소된 지점 등 종된 사업장의 부동산이 수용된 경우 위 지점 등이 부재부동산 소유자에 해당되는지 여부 3. (회신내용) 가. 「지방세법」제109조 제2항에서 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 시행령 제79조의3 제2항에서 법 제109조 제2항에서 "대통령령이 정하는 부재부동산 소유자"라 함은 … 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다고 규정하는 한편, 「부가가치세법 제4조 제3항에서 제1항에도 불구하고 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 등록한 사업자(이하 “사업자단위과세사업자”라 한다)는 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고·납부할 수 있다고 규정하고 있으며 같은 법 제5조 제2항에서 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항에서 사업자단위로 등록하려는 사업자는 제1항의 신청서에 법 제5조제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 등록하려는 사업자는 사업자단위과세적용사업장 외의 사업장(이하 "종된 사업장"이라 한다)에 대한 제2호부터 제5호까지의 규정에 따른 서류 및 사업장 소재지ㆍ업태ㆍ종목 등 기획재정부령으로 정하는 서류 등을 첨부하여야 한다고 규정하고 있습니다. 나. 「지방세법」제109조 제2항은 공익사업 등으로 부동산이 수용되어 삶의 터전이나 사업장을 잃은 자가 이에 대체하여 부동산을 취득할 경우 취득세 비과세 등 조세지원을 함에 있어 수용된 당해 부동산 소재지에서 1년전부터 사업자등록 및 사업을 사실상 영위하지 아니한 사실상 부재지주에 대하여는 지원을 배제하겠다는 것이 입법취지라 할 것이며, 부가가치세법상 사업자단위과세제도에 따라 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 종된 사업장을 말소하고 본점에서 사업자단위로 일괄하여 부가가치세를 신고·납부하더라도 종된 사업장에서 사업을 계속할 경우 종된 사업장에 대한 사업장 소재지ㆍ업태ㆍ종목 등을 기재한 서류를 첨부하여 사업자단위과세적용사업장으로 함께 등록하고 부가가치세를 신고하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 위 제도 도입은 사업장별 신고·납부에 따른 납세자의 불편 해소 및 납세 협력비용 절감 차원일 뿐, 부가가치세 신고 시 종된 사업장도각 사업장별로 과세표준 및 납부(환부)세액을 기재하여 신고하는 등 내용면에서는 종전과 동일하다고 할 것이므로 지점 등 종된 사업장의 사업자등록을 말소하였더라도 사업자단위과세제도에 따라 지점 등을 종된사업장으로 부기하여 부가가치세를 함께 신고하는 등 당해 사업인정고시일 1년 전부터 사업을 계속 영위한 경우라면, 위 대체취득 비과세 입법취지 등에 비추어 당해 지점 등 종된 사업장의 경우 부재부동산 소유자로 보기는 어렵다고 할 것이나, 이에 해당하는지의 여부는 과세권자가 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝.