법인의 기업부설연구소용 건물 부속토지 직권 감면질의 회신

【질의요지】 대도시에서 본점사업용 건축물 신축을 위하여 토지 취득 후 그 토지위에 건축물 준공 전 그 건축물 일부의 이용계획을 기업부설연구소가 입주하기로 변경하고, 그 변경된 계획에 따라 기업부설연구소가 입주하고 그 용도로 직접 사용하는 경우 그 기업부설연구소로 사용되는 건축물 부분의 부속토지가 감면대상인지 여부 【회신내용】 가.「지방세법」지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제228조에서 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 건축물을 취득한 후 4년이내에「기술개발촉진법」제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있음. 나. 귀문 기업부설연구소로 사용되는 건축물 부분의 부속토지가 감면대상인지 여부관련 하여 지방세 감면대상의 판단은 납세의무성립 당시에 사실관계와 법률이 정하는 바에 따라 판단하여야 할 것이고, 과세요건을 구성하는 사실요건이 지방세법에서 정한대로 요건을 구성하고 있는가를 판단하여야 할 것으로 기업부설연구소를 신축하기 위하여 토지와 건축물을 취득하는 경우라고 하더라도 개별 과세대상인 토지와 건축물의 취득시기가 다른 경우 토지와 건축물 각각의 취득시점에 지방세법에서 정하는 해당 요건을 구성하였는가를 판단하여야 할 것이나, 이 건 기업부설연구소 감면의 경우는 기업부설연구소를 설립하기 위하여 과세물건 취득 후 일정기간(4년)이내에 기업부설연구소를 설립하면 감면하겠다는 것이므로(대법원2006두19570, 2008.11.27. 참조) 해당 토지 취득이후 사정변경 등으로 인하여 본점사업용이 아닌 기업부설연구소를 설립하였다고 하여 달리 볼 수 없을 것임. 다. 아울러 지방세법상 기한내(30일 이내) 감면신청 규정은 납세자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 과세기관에 제출하도록 하는 협력의무에 불과한 것이지 기한내 감면신청이 없다고 하여 감면요건이 충족되어 당연히 감면대상인 것을 감면대상에서 배제한다는 것은 아니므로(대법원2003두773, 2004.11.12. 참조) 해당 토지 취득이후 30일이내 기업부설연구소로 사용하겠다는 감면신청이 없었다고 하더라도 이건 해당 토지 취득후 4년이내 기업부설연구소를 설립한 경우라면 감면대상이라고 사료되나, 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실관계 등을 조사하여 판단할 사항임.