특별법에 개정으로 부동산을 포괄적으로 양수받는 경우 취등록세 납세의무 관련 질의회신

1. 경기도 세정과-7097(2010.3.3.)호와 관련입니다. 2. ( 질의내용 ) 「방사성폐기물 관리법」에 의하여 2009.1.1. 설립된 공단(한국방사성폐기물관리공단)이 전기사업법에 따라 한국수력원자력(주)이 수행하던 방사성폐기물관리사업과 관련된 모든 재산과 권리ㆍ의무를 포괄적으로 양수하는 경우, 한국수력원자력(주)이 취득세를 납부한 부동산 등을 승계받은 공단에게 지방세법상 취·등록세의 납세의무가 있는지 여부 3. (회신내용 ) 특별법 개정으로 부동산을 포괄승계 받는 경우 취득세 및 등록세 납세의무 관련 질의는 우리 부 지방세운영과-357(2009.1.23.)호와 유사한 사안이므로 동 질의회신을 참고하시기 바랍니다. 끝. ※ 행정안전부 지방세운영과-357(2009.1.23.)호 질의회신 내용 ( 회신내용 ) 가. 취득세에 대하여는 지방세법 제104조 제8호에서 취득은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고 있고, 동법 제105조에서 부동산 등의 취득자에게 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 등록세에 대하여는 동법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 나. 산업기술혁신촉진법 일부 개정 법률에서 한국산업기술진흥원과 한국산업기술평가관리원을 각각 설립하고, 종전의 한국산업기술평가원, 한국산업기술재단, 한국기술거래소, 한국부품ㆍ소재산업진흥원을 각각 폐지하도록 하면서(제38조 및 제39조 등), 한국산업기술평가원등은 해당 법률에 따라 준용되는 「민법」 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 한국산업기술진흥원("기술진흥원") 및 한국산업기술평가관리원기술진흥원("평가관리원")의 설립과 동시에 해산된 것으로 보며(부칙 제5조, 기술진흥원 및 평가관리원의 설립에 따른 경과조치), 한국산업기술평가원 등의 모든 권리와 의무 및 직원은 지식경제부장관의 인가를 받은 계획의 내용에 따라 각각 기술진흥원 또는 평가관리원이 승계(부칙 제4조 제3항 제2호)하도록 하고 있으며, 다. 신설법인이 승계 받는 부동산 등에 대한 관계법령의 의제규정을 보면 이 법 시행 당시 등기부, 그 밖의 공부에 표시된 한국산업기술진흥원 등의 명의는 재편계획의 내용에 따라 각각 기술진흥원과 평가관리원의 명의로 본다고 하고 있고, 이 법 시행 전에 종전 법인이 행한 행위는 개편계획의 내용에 따라 기술진흥원 또는 평가관리원이 행한 행위로 본다고 하고 있는 점을 보면, 폐지된 법인과 신설법인의 동일성이 인정되므로 이들 법인이 포괄승계 받는 부동산에 대하여는 소유권의 새로운 변동이 있었다고 보기 어렵다 하겠으므로, 라. 귀문과 같이 특별법에 설립근거를 두고 있는 비영리법인의 조직 통·폐합을 위한 법령개정으로 한국기술거래소 등 4개 기관을 폐지하고 이들 기관의 업무를 통합하여 수행할 목적으로 한국산업기술진흥원과 한국산업기술평가관리원이 신설함에 따라 신설법인이 포괄승계 받는 부동산 등은 실질적으로 소유권이 이전되는 것이 아니어서 지방세법 제104조 제8호 및 제105조에서 규정하는 취득으로 볼 수 없어 부동산 등 취득에 따른 취득세 납세의무는 없는 것이라 할 것이고, 등록세의 경우 부동산등기법 등 규정에 따라 등기명의인 표시변경등기가 이행되는 경우라면 변경등기에 따른 등록세(지방세법 제131조 제1항 제8호)의 세율을 적용하여야 할 것으로 사료됩니다. 끝.