등록세 중과세에 따른 농특세 과세대상 여부에 관한 질의회신

1. 서울시 세제과-1941(2010.2.18.)호와 관련입니다. 2. (질의내용 ) 「조세특례제한법」 제119조 제7항에서 "투자회사 등이 2012년 12월 31일까지 설립등기하는 경우 그 등기에 대하여는 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다."라고 규정하고 있는 바, 투자회사 등이 대도시 내에서 설립등기하면서 등록세 중과세율을 적용하지 아니한 경우, 중과세율과 일반세율과의 차액에 대한 농어촌특세의 과세여부 3. (회신내용) 가. 「조세특례제한법」 제119조 제7항에서 투자회사, … 「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화산업전문회사가 2012년 12월 31일까지 설립등기(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대해서는 「지방세법」 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 「지방세법」 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다(단서생략)고 규정하는 한편, 「농어촌특별세법」제5조 제1항 제1호에서 농어촌특별세는 지방세법에 의하여 감면받은 등록세 감면세액에 대한 100분의 20의 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있습니다. 나. 이는 투자회사 등이 등록세 중과세 대상이 되는 「수도권정비계획법」 제6조의 규정에 따른 과밀억제권역인 대도시내에서 설립등기를 하는 경우라도 「지방세법」 제138조 제1항에 따른 등록세 중과세율의 적용을 배제하고 일반세율로 적용함을 의미한다고 할 것이므로, 등록세 중과세율과 일반세율과의 차액을 「농어촌특별세」 제5조 제1항 제1호에 따른 등록세의 감면세액으로 볼 수 없어 농어촌특별세 과세대상이 아니라고 판단되나. 이에 해당하는지의 여부는 과세관청에서 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝.