종교용부동산 비과세 관련 정당한 사유 및 유예기간 적용에 관한 질의 회신

1. 서울특별시 세제과-16620(2009.12.9.)호와 관련입니다. 2. ( 질의내용 ) 사회복지법인이 사회복지시설을 건축하기 위하여 토지를 취득하고 취득세 등을 비과세를 받은 후 건축허가를 신청하였으나, 처분청에서는 지역주민들의 민원과 교통혼잡 등을 이유로 건축허가 신청을 반려하였고, 이에 대하여 사회복지법인이 행정심판을 통하여 건축허가신청 반려처분 취소결정을 받아 착공신고를 하였으나, 지역주민들의 민원 등으로 착공을 하지 못하고 있는 경우에 있어, 질의1) 유예기간내에 목적사업에 직접 사용하지 못한데 비과세 추징을 배제할 수 있는 정당한 사유에 해당하는지 여부 및 질의2) 정당한 사유가 있는 경우 유예기간 만료일의 적용 기준 3. (사실관계) ○ 2006.03.24 : 토지취득 ○ 2006.09.18 : 건축허가신청(사회복지시설) ○ 2006.10.17 : 건축허가 사전예고(주민의견수렴) ○ 2007.07.04 : 건축허가신청서 반려 - 반려사유 : 지역 주민들이 지역정서와 교통혼잡등의 문제 제기로 인한 주민 반발 ○ 2007.10.05 : 행정심판 청구 ○ 2008.01.18 : 행정심판 재결서(건축허가신청서반려 처분을 취소) ○ 2008.04.16 : 건축허가 ○ 2009.03.02 : 착공신고 처리통보 ※ 현장에 울타리 및 현장사무소용 컨테이너를 설치하였으나 주변 민원으로 터파기 공사나, 구조물 공사 등의 행위는 현재까지 하지 않고 있음. 4. (회신내용) 가. 「지방세법」 제107조 본문 및 제1호, 같은 법 제127조 제1항 본문 및 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득ㆍ등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득ㆍ등록세를 부과한다고 규정하고 있습니다. 나. 질의1)과 관련하여, 위 단서에서 규정하고 있는 과세를 배제할 수 있는 '정당한 사유'의 판단 기준은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이기는 하나(대법원 1996. 3. 12. 선고, 95누18314 판결 등 참조), 법인이 토지취득시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다할 것(대법원 2002. 4. 26. 선고, 2000두10038 판결 등 참조)입니다. 따라서, 귀문의 경우 납세자가 유예기간내에 취득한 토지를 목적사업에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지의 여부는 건축허가 반려처분에 대하여 처분청의 귀책사유가 가미되었는지, 취득 당시부터 건축허가 및 착공에 장애사유가 이미 존재하고 있었고 납세자가 그에 대하여 알고 있었는지의 여부 등을 종합적으로 고려하여 과세관청에서 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것입니다. 다. 질의2)와 관련하여, 법인이 부동산을 취득한 날부터 유예기간(3년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 경우라 하더라도, 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간이 경과한 날이 되고 정당한 사유가 소멸된 날로부터 3년이 경과되는 날이 되는 것은 아니라는 점(대법원 2005.5.27. 선고 2003다66271 판결 참조)을 고려해 볼 때, 단순히 추징을 배제할 수 있는 정당한 사유가 있다고 하여 추징 유예기간 자체가 연장될 수는 없다고 할 것입니다. 다만, 추징에 있어 유예기간을 두고 있는 취지가 건축공사 준비, 건축공사 추진 등 직접 사용을 위한 준비기간이 불가피하게 필요하다는 것을 고려한 점과 건축허가 반려처분이 취소된 이후 직접 사용을 위한 절차인 건축물의 착공 등은 건축허가일로부터 상당한 준비기간이 필요할 것임이 명백한 것이라는 점 등을 고려해 볼 때 정당한 사유가 소멸된 즉시 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 과세처분의 정당성을 주장하는 것은 불합리하다고 할 것(대법원 2007.10.26. 선고 2007두17632 판결 참조)입니다. 따라서 비과세를 받은 납세자가 정당한 사유로 인하여 직접 사용을 위한 준비기간의 활용이 불가능 했던 경우라면 그에 해당하는 기간만큼 추가로 추징을 유예할 수 있는 정당한 사유로 인정하여 주는 것이 합리적이라 할 것이고, 다만 추가로 정당한 사유로 인정할 수 있는 기간은 과세관청에서 전체 유예기간 중 과세관청의 잘못된 행정처분 등 정당한 사유로 인하여 실제 고유업무에 직접 사용을 위한 준비행위가 불가능 했던 기간을 합리적으로 고려하여 결정할 사항이라 판단됩니다. 끝.