부동산간접투자기구의 간접투자재산에 대한 지방세 추징 관련 질의 회신

1. 서울특별시 세제과-14317(2009.10.23.)호와 관련입니다. 2. ( 질의내용 ) 부동산간접투자기구가 구「간접투자자산 운용업법」(2007.7.19. 법률 제8516호로 개정되기 이전의 것. 이하 같음)에서 정하고 있는 보유기간(3년 이상)을 충족하지 못하고 조기 청산한 경우, 구「조세특례제한법」(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제119조 제6항 제2호 및 제120조 제4항 제2호의 규정에 의거 감면받은 취득등록세를 다시 납부하여야 하는지 여부 및 이 경우 분리과세로 납부한 재산세를 별도합산과세 세율로 경정하여 추징할 수 있는지 여부 3. (사실관계) ○ 2007.8.7. : 내국법인 '갑'이 간접투자기구를 설립하여 부동산임대업을 목적으로 오피스빌딩(이하 '간접투자재산'이라 함)을 매입 - 위 과정에서 구「조세특례제한법」 제119조 제6항 제2호 및 제120조 제4항 제2호의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 면제받았으며, 구「지방세법」(2008.9.26, 법률 제9133호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제182조 제1항 제3호 마목 및 구「지방세법 시행령」(2008.6.25. 대통령령 제20887호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제132조 제5항 제23의2호의 규정에 의거 토지분 재산세를 분리과세 받음 * '갑': 구「간접투자자산 운용업법」 제4조에서 규정하고 있는 자산운용회사에 해당 ○ 2009. 10월 : '갑'은 구「간접투자자산 운용업법」 제88조 제1항 제4호 가목 단서 및 구「간접투자자산 운용업법 시행령」(2007.12.28. 대통령령 제20462호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제71조 제5항 규정에 따라 부동산펀드의 수익자 전원의 동의를 얻어 간접투자재산을 처분하고 부동산 펀드의 청산절차를 밟고 있음 4. (회신내용) 가. 구「조세특례제한법」 제119조 제6항 제2호 및 제120조 제4항 제2호에서 「간접투자자산 운용업법」에서 정하는 부동산간접투자기구(이하, '부동산간접투자기구'라 한다)의 간접투자재산으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 50% 감면한다고 규정하고 있고, 구「지방세법」 제182조 제1항 제3호 마목 및 구「지방세법 시행령」 제132조 제5항 제23의2호에서는 「간접투자자산 운용업법」에 의하여 설정설립된 부동산간접투자기구가 목적사업에 사용하기 위하여 소유하고 있는 토지중 별도합산과세대상에 해당되는 토지에 대하여 분리과세 적용하도록 규정하고 있으며, 동 규정들과 관련하여 별도의 추징이 없습니다. 나. 또한, 구「간접투자자산 운용업법」 제88조 제1항 제4호 가목 및 구「간접투자자산 운용업법 시행령」 제71조 제4항 제5항에서는 자산운용회사는 간접투자재산을 운용함에 있어 부동산을 취득한 후 3년 이내에 이를 처분하는 행위를 하여서는 아니된다고 규정하면서, 부동산간접투자기구가 합병 또는 해지해산되는 경우에는 동 행위제한의 예외를 인정하고 있습니다. 다. 한편, 추징은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것(대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 참조)이므로, 감면요건을 충족한 이후 사후관리 측면에서 별도의 추징규정을 두고 있지 아니한 이상 면제된 지방세를 추징할 수는 없다고 것(대법원 2005.9.29. 2003두9374 판결 및 2008.4.24. 2008두839 판결 참조)입니다. 라, 따라서, 구「조세특례제한법」 제119조 제6항 제2호제120조 제4항 제2호 및 구「지방세법」 제182조 제1항 제3호 마목에서 부동산투자집합기구가 간접투자재산을 취득등기한 경우에는 취득등록세를 50% 감면하고 목적사업에 직접 사용하기 위해 소유하고 있는 경우에는 토지분 재산세를 분리과세한다고 규정하고 있을 뿐 동 감면과 관련하여 별도의 추징규정을 두고 있지 아니한 이상 구「간접투자자산 운용업법」에서 규정하고 있는 제한규정(자산운용회사가 간접투자재산을 운용함에 있어 부동산을 취득한 후 3년 이내의 처분제한)을 이유로 기 감면한 취득등록세를 추징하거나 분리과세한 재산세를 별도합산으로 경정하여 추징할 수는 없다고 판단됩니다. 끝.