창업벤처중소기업에 대한 취득세 등 추징 관련 질의 회신

1. 서울특별시 세제과-11963(2009.9.7.)호와 관련입니다. 2. ( 질의내용 ) 창업벤처중소기업이 사업용재산을 취득등기하면서 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 제120조 제3항 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 면제 받은 후 추징 사후관리 기간(2년)내에 벤처기업인증을 연장하지 못한 경우 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 있는지 여부 3. (사실관계 ) ○ 사업개시일 : 2004.9.15. ○ 벤처기업 인증 확인일 : 2006.5.1.~ 2009.10.31. ○ 산업단지 아파트형 공장 취득 : 2008.6.28. ○ 업종 : 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업 ○ 벤처기업 확인유형 : 기술평가보증기업 및 기술평가대출기업 ○ 벤처기업 미연장 사유 : 자산총액 대비 보증 및 대출금액 비율 미충족 4. (회신내용 ) 가.「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 벤처기업으로 확인받은 날부터 4년이내에 취득등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 취득등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용처분(임대 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제된 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제2항에서는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 창업후 3년 이내에 동법 제25조의 규정에 따라 벤처기업으로 확인 받은 기업을 창업벤처중소기업이라고 규정하고 있습니다. 나. 한편, 추징은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것(대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 참조)이므로, 추징요건을 해석함에 있어 합리적인 이유 없이 면제요건의 규정을 유추 적용하여 추징요건의 근거로 삼을 수는 없다고 할 것입니다. 다. 따라서, 창업벤처중소기업에 대한 취득등록세의 감면에 있어 벤처기업 확인에 관한 사항은 면제요건에 관한 사항으로서 납세의무성립 당시 면제요건을 모두 구비한 경우라면 일단 면제를 하여야할 것이고, 동 면제요건에 대하여 사후관리 측면에서 별도의 추징규정(예 : 사용일부터 2년이내에 벤처확인이 취소되거나 기간이 연장되지 아니한 경우 면제된 세액을 추징)을 두고 있지 아니한 이상 이를 이유로 기 면제한 취득등록세를 추징하기는 어렵다고 할 것이므로, 귀 문의 경우 창업벤처중소기업이 사업용재산을 취득등기하면서 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 제120조 제3항 규정에 의하여 정당하게 취득등록세를 면제 받은 후 당해 사업용재산을 당초 사업의 목적대로 계속 직접 사용하고 있는 경우라면, 비록 추징 사후관리 기간(2년)내에 벤처기업인증 연장이 이루어지지 아니하였다고 하더라도 면제받은 취득등록세를 추징하기는 어렵다고 판단되나, 이에 해당하는 지의 여부는 과세권자가 사실조사 후 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝.