종교법인의 대체취득에 따른 취득세 등 비과세 관한 질의회신

1. 대전광역시 세정과-4319(2009.5.8.)호와 관련입니다. 2. ( 질의내용 ) 종교법인의 소속성당이 종교용(성당)으로 사용하고 있던 부동산이 택지개발사업으로 수용되어 대체부동산을 취득하였는바, 이 경우 종교법인이 수용된 부동산 소재 지역내에 사업자등록을 하지 아니한 경우 부재 부동산 소유자로 보아 취득세 등 비과세를 배제하는 것이 타당한지 여부 3. (사실관계 ) ○ '65.2.11. : (재)○○교구 천주교회 유지재단 설립등기 - 주사무소 : ○○시 ○구 ○○동 15-1 ○ '94.10.28. : 천주교 ◎◎◎ 성당 개소(○○교구천주교회 유지재단 소속) - 소재지 : ○○시 ◇◇구 □□□동 217-1(주사무소 구와 연접하지 않음) ○ '03.12.16. : ○○○○구택지개발사업인가 ○‘06. 9. 6. : 최종 보상금 수령 - 보상금수령자 : (재)○○교구 천주교회 유지재단, 보상금 : 2,301백만원 ○ '06. 2.17. : 부동산 취득(토지) - 취득자 : (재)○○교구 천주교회 유지재단 - 소재지 : ○○시 ◇◇구 □□□동 641-37 외 3필지 - 취득가액 : 960백만원(취득목적 : ◎◎◎ 성당 이전신축) ○‘08. 3. 5 : 성당신축 4. (회신내용 ) 가.「지방세법」 제109조 제2항 및 같은 법 시행령 제79조의3 제2항에서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구내에 매수ㆍ수용 또는 철거되는 부동산등을 소유하는 자로서 매수ㆍ수용 또는 철거된 부동산등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면 및 그와 연접한 구ㆍ시ㆍ읍ㆍ면지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)에 대하여는 부재 부동산 소유자로 보아 토지수용 등으로 부동산을 대체취득하는 경우 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 나. 「부가가치세법」 제2조 제1항 및 제2항에서는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(이하 '사업자'라 함)는 이법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있고 납세의무자에는 개인법인과 법인격 없는 사단재단기타 단체를 포함한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제5조 제1항 및 제2항에서는 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록을 하여야 하고, 이 경우 사업장 관할세무서장은 사업자등록증을 교부하여야 한다고 규정하고 있습니다. 한편 부가가치세 과세대상 사업을 영위하지 아니하는 비영리법인의 사업장의 경우에는 별도의 사업자등록 대상에 해당하지는 않는다고 할 것입니다. 다. 위를 종합해 보면, 부재 부동산 소유자를 판단함에 있어 자연인, 법인, 영리사업자, 비영리사업자 등으로 구분하고 있지 아니하므로, 단순히 사업자등록대상이 아닌 법인이나 단체라는 이유만으로 부재 부동산 소유자 판단대상에서 제외할 수는 없다고 할 것이나, 사업자등록대상이 아닌 비영리사업장에 대하여 사업자등록을 하지 아니하였다고 하여 부재 부동산 소유자로 보는 것은 모순이 있으므로 이 경우에는 수용되는 부동산을 소유한 비영리사업자가 당해 부동산 소재지에 사업장을 설치하고 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 사업자등록대상이 아닌 목적사업을 수행하여 왔었는지의 여부에 따라 부재 부동산 소유자 여부를 판단하는 것이 합리적이라고 할 것입니다. 라. 따라서, 귀문의 경우 택지개발사업으로 수용되는 부동산을 소유하고 있는 종교법인의 소속성당이 당해 부동산 내에 종교시설(성당)을 설치하고 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 사업자등록대상이 아닌 종교사업만을 영위하여 온 경우라면, 이를 부재 부동산 소유자로 보아 취득세 등 비과세를 배제하기는 어렵다고 판단되나. 이에 해당하는지의 여부는 과세권자가 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝.