기업부설연구소 취득세 등 감면분 추징 해당여부 질의회신

가. 지방세법 제282조에서“대통령령이 정하는 기업부설 연구소용”에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고, 그 시행령 제228조에서 상기 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으며 나. 또한, 기술개발촉진법 제7조제1항 제2호 및 그 시행령 제15조제1항에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소는 5인 이상이며 그 외는 10인 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관을 말한다고 규정하고 있습니다. 다. 귀문과 같이 중소기업 제외사유가 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유나 행정관청의 귀책사유에 있는 것이 아니고 모(母)기업의 자산규모 초과라는 기업 내부적인 사유에 기인하고 있다 할 것이므로 이를 “정당한 사유”로 보기는 어렵다 할 것이며 또한, 중소기업에서 제외된 후에도 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산이 되기 위해서는 기술개발촉진법에서 규정하고 있는 기업부설연구소의 요건을 충족하여야 하는 바, 그 규정상 연구전담요원 부족으로 기업부설연구소의 승인이 취소되는 경우까지 감면대상 기업부설연구소용 부동산으로 보기에는 무리가 있다고 사료됩니다만, 이에 해당여부는 당해 자치단체인 과세관청이 사실조사로 판단할 사항입니다. 끝.