대도시내 법인 등록세 중과세 대상 여부 질의 회신

가. 지방세법 제138조제1항은 같은 법시행령 제101조제1항제5호의 “「주택법」제9조 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)”을 법인이 취득하는 부동산의 등록세 중과세 제외대상 업종으로 규정하고 있고, 같은 조제2항에서는 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 3년이 경과할 때까지 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 등록세를 중과한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 제119조 및 그 제2호에서 대통령령이 정하는 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제(이 경우 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다)고 규정하고 있습니다. 나. 질의 ①과 ②의 경우 A법인이 제138조제1항 단서 및 같은 법시행령 제101조제1항에서 규정하는 대도시내 법인중과세 예외 업종을 영위할 목적으로 토지를 취득한 후 그 취득일로부터 1년 이내에 B법인에 흡수합병 됨으로써 A법인이 소유하던 토지를 B법인이 양수하여 당해 재산을 등기를 하는 경우 그 등기는 조세특례제한법 제119조 및 그 제2호의 규정에 의하여 등록세 면제대상이고 중과세율 적용대상이 아닌바, 귀문의 A법인이 대도시내에서 등록세 중과제외업종을 영위할 목적으로 토지를 취득하였다가 3년 이내에 대도시내에서 설립된 지 5년이 경과한 B법인에게 흡수합병된 경우라면 A법인이 토지를 취득한 후 3년이내에 당해 업종에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 것이나(지방세정팀-520, ‘07.3.8 참조), 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 구체적 사실관계를 확인하여 판단할 사항입니다.