종교단체 비과세 해당여부 질의회신

가. 지방세법 제107조 본문 및 동조 제1호, 제127조제1항제1호와 같은법 시행령 제78조의2 및 제79조제1항제1호의 규정에 의거 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 ？ 등록세를 부과하지 아니하나, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있습니다. 나. 귀문의 경우 종교를 목적으로 하는 단체(교회)가 교회건물의 일부를 어린이집 및 유치원으로 사용하는 경우라면, 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세대상이 되는 것은 종교의식ㆍ예배ㆍ축전ㆍ종교교육ㆍ선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한한다 할 것(행심 2004-394, 2004.12.29)이므로 당해 교회의 건물 중 어린이집 및 유치원으로 사용하는 부분에 대하여는 유·무상 여부와 관계없이 종교단체가 종교용으로 직접 사용하는 것으로 볼 수 없어 취득세 및 등록세의 과세대상에 해당된다고 보아야 할 것이나, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실관계를 조사하여 판단할 사항입니다. 끝