조세특례제한법에 의한 과점주주 간주취득세 배제 규정은 농어촌특별세법상 “감면”의 범위에 해당하는 것으로 보아 농어촌특별세의 납세의무가 성립함

【질의요지】 농어촌특별세는 지방세 감면분에 대하여 과세하는 것이나, 조세특례제한법 제120조 제6항의 규정에서 「지방세법」제105조 제6항의 과점주주 간주취득세 규정이 적용되지 아니하는 경우 이를 농어촌특별세법 제2조 제1항에서 규정하는 "감면"으로 보아 농어촌특별세법 제5조 제1항의 규정에 의한 농어촌특별세 납세의무를 부담하는지 여부 【회신내용】 조세특례제한법 제120조 제6항은 같은 조항 각호의 규정에 해당하는 사유로 인하여 「지방세법」제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우, 당해 과점주주에 대하여는 「지방세법」제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있고, 농어촌특별세법 제2조의 규정에서는 "이 법에서 감면이라 함은 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ취득세 및 등록세 등이 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 같은 조항 제1호에서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등에 해당되는 것을 말한다"고 규정하고 있으며, 다시 같은 법 제4조는 농어촌특별세가 비과세되는 경우를 열거하고 있음을 볼 때, 조세특례제한법 제120조 제6항의 규정을 충족하는 사유로 인하여 「지방세법」제105조 제6항의 과점주주 간주취득세 규정이 적용되지 아니한다고 규정한 것은 지방세법상 과점주주 간주취득세에 관하여 조세특례제한법에서 비과세 규정을 둔 것으로 볼 수 있고 농어촌특별세법에서는 과점주주 간주취득세에 관한 별도의 비과세 규정을 두고 있지 아니하므로 과점주주 간주취득세의 비과세부분에 해당하는 세액에 대하여는 농어촌특별세의 납세의무가 성립하는 것임(구 행정자치부 세정13407-441, 2002.5.11 참조). 【해설】 1. 쟁점사항 "「지방세법」제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 동법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다" 라는 규정이 농어촌특별세법 제2조 제1항에서 규정하는 "감면"의 범위에 해당하는 것으로 보아 농어촌특별세법 제5조 제1항에 의한 농어촌특별세 납세의무를 부담하는지 여부 3. 검토 (1) 농어촌특별세법상의 감면요건 지방세법상 통상적으로 비과세나 감면은 납세자가 납부하여야 할 세액을 과세제외하거나 경감하는 것으로 이해되며, 조세특례제한법 제2조 제8호의 규정에서 "조세특례"라 함은 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율의 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입등의 조세감면과 특정목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다라고 규정하고 있다. 그러나 농어촌특별세법상의 감면의 범위에 대하여 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제에 해당하는 것을 말한다. 따라서 농어촌특별세의 과세 대상에 해당하는 경우는 "취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 것으로서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제에 해당되어야 하는 경우"인 것이다. 이 경우 비과세나 감면되는 것은 취득세나 등록세의 규정에서 납부세액을 비과세하거나 경감하는 것이 이에 해당하는 것으로 볼 수가 있다. (2) 과점주주의 과세 적용배제의 범위 조세특례제한법 제120조 제6항의 본문중 "「지방세법」제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 동법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다" 라는 규정이 농어촌특별세법상의 감면의 범위에 해당되는 것인가· 「지방세법」제105조 제6항의 규정에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보기 때문에 과점주주가 주식을 취득한 경우에는 취득세 납세의무가 발생하는 것이다. "동법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다" 규정의 의미를 어떻게 해석하여야 하는 것인가가 쟁점사항에 해당한다. 즉, 과점주주의 납세의무 규정을 적용하지 아니하기 때문에 결과적으로는 과세면제효과를 보게 되었고 나아가 사실상의 취득세 감면에 해당하는 경우에 해당하게 된 것이다. 농어촌특별세의 감면 범위는 취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 것으로서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제에 해당되어야 하는 경우로 한정하고 있어서 실질적으로 보면 납세의무자가 과점주주가 되었다고 하더라도 과세 배제하여 감면의 효과를 보게 된 것이나 조세법리상으로는 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제에 해당하는 것으로 볼 수가 있다. (3) 엄격해석의 법리와의 관계 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것이며(대법원 2003. 8. 22. 선고, 2001두3525 판결 등 참조) 이는 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 판결 2001두731, 2002.4.12. 참조) 할 것이다. 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다 할 것이고(대법원 2006. 5. 25. 선고, 2005다19163 판결 참조), 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2004. 5. 28. 선고, 2003두7392 판결 참조), 그러하다면 조세특례제한법 제120조 제5항의 규정에서 "동법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다" 규정의 의미를 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제에 해당될 수가 있는 것인가에 대하여 보면 문리적으로는 각종 취득세 비과세 규정 등에서 "…에 대하여 취득세를 부과하지 아니한다."라는 표현으로 표기되어 있어서 비과세로 볼 수가 없다고 할 수가 있다. 그러나 적용하지 아니한다는 표현은 결국 과세규정에서 납세의무가 면제되는 것이기 때문에 적극적으로 비과세 규정과 같은 표현을 적시하지 아니하였다고 하더라도 비과세와 같은 표현에 해당 할 것이다. 【관련규정】 조세특례제한법 제120조 (취득세의 면제 등) ⑥다음 각호의 1에 해당하는 사유로 인하여 「지방세법」제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 동법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다. 「지방세법」제105조 (납세의무자등<개정 1994.12.22>) ⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다 농어촌특별세법 제2조 (정의) ① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법ㆍ관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 2. 조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의한 조합법인등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 동법 제89조 제1항, 제89조의2, 제89조의3 및 제91조의 규정에 의한 이자ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용 【관련사례】 [판례] 과점주주의 제2차 납세의무자 판단기준 주행세의 납세의무 성립일 현재, 원고는 삼연에너지 발행주식총수의 100분의 30에 해당하는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자임을 알 수 있고, 나아가 기록에 의하면, 원고의 형인 이천0은 삼연에너지 법인등기부상 대표이사로서 발행주식총수의 100분의 30을, 원고의 형수인 은00는 삼연에너지의 법인등기부상 감사로서 발행주식총수의 100분의 15를 각 소유하고 있으면서, 각 주주총회에 참석하여 의결권을 행사하고, 2차례에 걸친 유상증자에 모두 참여한 사실을 알 수 있는바, 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이천0과 은00는 이 사건 주행세의 납세의무 성립일 현재, 원고와 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 법 제22조 제2호 소정의 과점주주에 해당하고, 나아가 자신들의 소유주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하였다고 볼 여지가 많으므로, 원고는 이천0, 은00와 더불어 삼연에너지 발행주식 총수의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자로서 법 제22조 제2호 가목 소정의 제2차 납세의무자에 해당한다고 볼 여지가 충분하다고 할 것이다.(대법원 2006두18386, 2008. 1. 28) [사례] 과점주주의 특수관계 판단 A법인에 있어 甲개인이 99％, 기타주주가 1％ 각각 출자를 하고 있다가 B법인이 A법인의 주주인 甲개인으로부터 주식을 모두 인수하는 경우 甲개인은 B법인과 50％미만의 출자관계에 있어 기존에 특수 관계가 성립되어 있지 않으므로 B법인은 A법인의 주식 취득에 따른 취득세 납세의무가 성립되 는 것임(행자부 세정-39, 2008. 1. 3) [사례] 과점주주의 특수관계자 범위 질의① 지방세법시행령 제6조 제1항 제9호의 규정에 의한 「사용인 기타 고용관계에 있는 자」라 함은 주식발행법인인 비상장법인에 대하여 주주인 법인도 출자를 하고 출자한 법인의 임ㆍ직원도 출자를 하였을 경우 당해 법인과 종업원의 관계를 말하고 출자한 법인과 법인체에 근무하는 모든 임ㆍ직원이 되는 것(행정자치부 세정과-1383, 2004.6.1참조)이므로, 종업원의 범위는 이사ㆍ 부장ㆍ 과장ㆍ 직원등 직책을 불문하고 그 사용인(법인사업자 또는 개인사업자)과 사업체에 근무하면서 고용관계를 가지는 자이면 사용인 기타 고용관계에 있는 자에 해당되는 것이고, 질의② 특수관계인 적용 범위에 대하여는 「지방세법」제105조 제6항과 동법 제22조 제2호 규정에 의하여 개인주주 및 그와 친족 자연인간의 특수관계 여부의 판단은 주주중 특정주주를 기준으로 그와 친족ㆍ혈족관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식 총수 또는 총액의 100분의50 이상인 경우를 말하는 것이며, 법인주주간 및 법인과 개인주주간의 특수관계는 50％이상 출자관계로서 판단하는 것이므로, 법인주주와 개인주주가 다른 법인에 50％이상 출자를 하고 당해 법인에 출자한 특수관계인간의 소유주식의 합계가 당해 법인의 발행주식 총수 또는 총액의 100분의50 이상이면 과점주주에 해당되는 것임(행자부 세정-184, 2008. 1. 15) [사례] 과점주주의 취득세 판단 질의① 유상증자 전 A법인의 주주 甲, 乙, 丙, 丁 중 甲과 乙은 배우자 관계에 있으므로 특수관계가 성립하는 것이나, 丙과 丁은 「지방세법 시행령」제6조의 특수관계인에 해당하는 자들이 아니므로, A법인에 있어 특수관계인의 과점주주 비율은 甲개인과 乙개인의 지분을 합한 65％가 되는 것으로 판단되고 질의② A법인의 유상증자 시 B법인이 A법인의 주식을 50％ 취득함으로써 B법인을 기준으로 甲, 乙, 丙, 丁은 사용인 기타 고용관계가 성립되어 특수관계자를 포함한 과점주주 비율이 100％가 되는 것이며, 유상증자 전 과점주주의 지분비율이 65％이었으므로 증가된 비율인 35％에 대한 과점주주 주식취득에 따른 취득세 납세의무가 있는 것(행자부 세정-244, 2008. 1. 18) [사례] 과점주주의 취득세 납세의무 판단 C법인에 있어 甲은 A법인의 임원이면서 B법인의 임원이므로 甲개인과 A법인, B법인은 사용인 기타 고용관계에 있는 자에 해당되고, 乙개인은 A법인의 임직원이고, 丙개인은 B법인의 임직원이므로 각각 A법인과 B법인과 사용인 기타 고용관계에 해당 되는 것이며, 특정주주 甲개인을 기준으로 했을 때 여타 주주들 사이에 친족 기타 특수관계가 없다 하더라도 특정주주 甲개인을 기준으로 볼 때 A법인, B법인, 甲개인,乙개인, 丙개인 모두 특수관계에 해당되므로 이들의 소유주식의 합계인 51.8％에 대한 취득세 납세의무가 성립되는 것(행자부 세정-246, 2008. 1. 18) [사례] 과점주주의 특수관계인 판단 A법인에 있어 甲개인이 B법인과 C법인, D법인의 등기이사라면 사용인 기타 고용관계에 있는 자로서 이들 상호간에 특수관계가 형성되고, 또한 甲개인이 E법인, H법인, J법인에 각각 50％이상 출자하고 있으므로 甲개인-E법인-H법인-J법인은 특수관계가 성립되는 것이며, 甲개인과 B법인 및 D법인은 사용인 기타 고용관계에 있는 자인 상태에서 D법인이 F법인에 50％이상 출자하고 B법인이 I법인에 50％이상 출자함으로써 甲개인-D법인-F법인-I법인은 특수관계가 성립되고, 乙개인은 B법인과 사용인 기타고용관계에 있는 자이고 甲개인은 B법인과 사용인 기타 고용관계에 있으므로 B법인-甲개인-乙개인은 특수 관계가 성립되는 것이라 하겠으므로 따라서 A법인에 있어 특정주주를 甲개인을 기준으로 했을 때 여타 주주들 사이에 특수관계가 없다하더라도 甲개인과 B법인, C법인, D법인, E법인, F법인, H법인, I법인, J법인, 乙개인 모두는 지방세법시행령 제6조의 특수관계인에 해당하는 되므로 이들 의 소유주식의 합계인 60.33％가 과점주주 주식소유 비율이 되는 것임(행자부 세정-304, 2008. 1. 22) [판례] 과점주주의 제2차납세의무자 판단요소 주행세의 납세의무 성립일 현재, 원고는 삼연에너지 발행주식총수의 100분의 25에 해당하는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자임을 알 수 있고, 나아가 기록에 의하면, 원고의 자형인 이천0은 00에너지 법인등기부상 대표이사로서 발행주식총수의 100분의 30을, 원고의 누나인 은0화는 삼연에너지의 법인등기부상 감사로서 발행주식총수의 100분의 15를 각 소유하고 있으면서, 각 주주총회에 참석하여 의결권을 행사하고, 2차례에 걸친 유상증자에 모두 참여한 사실을 알 수 있는바, 위 이천0과 은0화는 이 사건 주행세의 납세의무 성립일 현재, 원고와 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 법 제22조 제2호 소정의 과점주주에 해당하고, 나아가 자신들의 소유주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하였다고 볼 여지가 있으므로, 원고는 위 이천0, 은0화와 더불어 삼연에너지 발행주식총수의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자로서 법 제22조 제2호 가목 소정의 제2차 납세의무자에 해당한다고 볼 수도 있다.(대법원 2007두6410, 2008. 1. 31) [판례] 과점주주의 특수괸계인간의 과세범위 판단 비상장법인인 00주식회사의 총 발행주식 중 99.82％에 해당하는 주식을 소유하고 있던 정00이 사망함에 따라 망인의 자녀들로서 망인과 「지방세법 시행령」제6조 제1항 소정의 친족 기타 특수관계에 있는 원고들이 망인이 소유하고 있던 주식을 전부 상속하였다고 하더라도 새로이 과점주주가 된 원고들과 친족 기타 특수관계에 있는 망인의 주식소유비율이 위 상속 전ㆍ후를 불문하고 여전히 99.82％로서 그 주식소유비율에 아무런 변동이 없으므로, 원고들에 대하여 구 「지방세법」제105조 제6항 등을 적용하여 간주취득세 등을 부과한 이 사건 처분이 위법하다(대법원 2004. 2. 27. 선고, 2002두1144 판결 및 대법원 2007. 8. 23. 선고, 2007두10297 판결 참조). (대법원 2008. 2. 29.선고, 2007두6588 판결 ) [판례] 과점주주의 취득세 과세 범위 과점주주가 된 원고들이 취득한 것으로 보는 이 사건 차량의 과세표준액을 그 취득의제 당시 감가상각비가 반영되지 아니한 주식회사 00여행사의 재무제표상 취득가액으로 하여 산정한 이 사건 부과처분은 적법하다(대법원 2008. 3. 14.선고, 2007두11399 판결) [사례] 과점주주의 주식 원상회복시 취득세 납세의무 주식의 취득시기는 주식대금을 완불하였는지의 여부와 관계없이 주주명부에 명의개서된 날을 취득일로 보는 것이므로, 과점주주에 따른 취득세 납세의무 성립여부 또한 주주명부에 명의개서된 날을 기준으로 판단하는 것이 원칙이나, 비상장법인의 발행주식을 甲 명의에서 乙 명의로 개서의 원인이 되었던 당초의 주식양도계약을 소급적으로 실효시키는 합의해제의 약정을 함에 따라 그 약정에 기초하여 乙 명의로 개서된 주식을 원소유자인 甲 명의로 원상회복하는 조치의 결과로 甲이 주식의 소유권을 취득한 이상, 이는 「지방세법」제105조 제6항의 규정에 의한 과점주주에 따른 취득세 납세의무가 새로이 발생한다고 볼 수는 없는 것임(행안부 도세-114, 2008. 3. 20)