과표차이에 의한 등록세 및 등록세중과세 부과에 관한 질의

1. 평소 지방세정 운영에 협조하여 주신데 대하여 감사드리며, 2008.5.21.자로 우리부에 문의한 사항에 대한 회신입니다. 2. 〈 질의내용 〉 사실관계가 아래와 같을 때 ①당해법인은 취득원인무효에 의한 취득세 납세의무가 있는지 여부 ②신고가격이 판결문에 의하여 입증되는 사실상의 취득가격보다 낮게 신고된 경우 과표차액분에 대하여 추징할 수 있는지 여부 ③매매계약이 해제되어 유예기간내에 주택건설공사에 착공하지 못한 경우 등록세(중과세율)가 추징되는지 여부 ▣사실관계 ○ 2001.11.13: 종중과 0000이 부동산 매매 ○ 2002.7.16 :0000에서 종중상대로 소유권이전등기 소송제기 ○ 2003.5.16 : 종중에서 소유권이전등기 소송 승소 ○ 2003.9.9 : 종중과 0000건설이 토지 매매계약 체결 후 소유권이전 ○ 2006.2.10: 0000과 종중의 대법원 판결에서 종중 패소 ○ 2007.6.26: 0000으로 토지 소유권이전(0000건설 소유권이전등기 말소) 3. 〈 회신내용 〉 가. 지방세법 제104조 제8호에서 “취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득”이라고 정의하고 있고, 동법105조제1항에서 취득세는 부동산 등의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도에서 그 취득자에게 부과한다고 규정하고 있습니다. 나. 질의1) 귀문의 경우 당해법인(0000건설)이 종중과 매매계약에 의하여 소유권이전등기를 경료한 후 종중과 동삼건설의 소유권 다툼에서 법원이 동삼건설의 소유권을 확인하여 줌으로써 종중과 당해법인의 소유권이전등기가 말소되었다 하더라도 법원판결에서는 종중과 0000과의 소유권에 대한 권리여부를 판결한 것일 뿐 종중과 당해법인과의 매매계약이 원인무효임을 판결한 것이 아니므로 당사자간의 매매계약이 원인무효로 판명되지 않은 이상 기 성립된 취득세 납세의무에는 적법한 것으로 판단되오나(행정안전부 지방세심사제2007-343, 2007.6.25 참조), 취득원인이 무효인지 여부는 해당 과세권자가 판결문등을 확인하여 판단할 사항이라 하겠습니다. 다. 질의2) 지방세법제111조제5항 제2호 및 제3호에서 판결문, 법인장부에 의하여 입증되는 가격을 사실상의 취득가격으로 한다고 규정하고 있으므로, 귀문의 경우 취득당시 신고가격이 판결문에 의하여 입증되는 사실상의 취득가격보다 낮게 신고납부 되었다면 부과권자는 신고가격의 차이를 과세표준으로 하여 취득세 및 등록세를 보통징수방법에 의하여 부과고지 할 수 있는 것입니다. 라. 질의3) ㉮ 지방세법제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하고, 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하면서, 동법시행령 제101조제1항제5호에서「주택법」제9조의 규정에 의하 여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)이라고 규정하고 있으며, 동조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에그 해당 부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다고 규정하고 있습니다. ㉯ 대법원판례(97누5121, 1998.11.27 참조)에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 직접사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이으로 판시하고 있고, ㉰ 조세법률주의 원칙상 조세법규는 과세요건이나 비과세요건을 가리지 아니하고 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석