등록세 부과에 대한 질의

1. 평소 지방세정 운영에 협조하여 주신데 대하여 감사드리며, 2007.12.20.자로 우리부에 문의한 사항에 대한 회신입니다. 2. 〈 질의내용 〉 대도시내 휴면법인을 인수하여 등기부상 회사계속등기를 하고 목적사업 또한 주택건설사업으로 변경한 다음 주택법에 의한 주택건설사업자로 등록하기 전에 주택건설용 토지를 취득하고 이에 대한 등기를 하는 경우 당해 부동산등기가 등록세 중과세대상에 해당되는지 여부에 대하여 질의하셨습니다. 3. 〈 회신내용 〉 가. 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내에서 법인설립에 따른 등기와 법인설립일부터 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있습니다. 나. 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우 법인설립일은 기존 휴면법인 설립일이 아니라 제3자가 인수하여 법인등기부상 제반사항을 변경함과 동시에 회사계속등기한 경우는 그 계속등기일을, 회사계속된 회사를 인수하여 법인등기부상 제반사항을 변경등기한 경우는 그 변경등기일이 된다 할 것으로(행정자치부 심사결정 제2007-649호, 2007.11.26. 참조), 다. 1998.6.26. 대도시내에서 설립되어 보험법인 대리점업, 유통업 등의 사업을 영위하다가 2003.12. 3. 해산한 후 휴면하던 법인을 제3자가 주식을 통해 인수하여 2004.3.2 2. 회사계속등기를 하고 2004.4.2 2. 본점소재지, 대표이사, 목적사업, 주주와 임원 등에 대한 변경등기를 하는 등 법인의 실체를 사실상 전부 변경한 다음 대도시 내의 부동산을 취득하는 경우라면 그 변경등기일을 실질적인 법인설립일로 보아 등록세 중과세대상 여부를 판단하여야 하겠고, 라. 한편, 지방세법 제138조제1항 본문 단서 및 같은법시행령 제101조 제1항 제5호 후단의 규정에 의하여 등록세 중과세대상에서 제외되는 것은 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업법인이 주택건설용으로 취득 등기한 부동산에 한정된다 하겠으므로, 마. 귀 문의 경우 당해 법인이 2004.3.2 2. 회사계속등기를 하고 2004.4.2 2. 법인등기부상 기존 목적사업 전부를 삭제하고 주택건설사업 등으로 변경등기하였다고는 하나 주택법에 의하여 건설교통부에 주택건설사업자로 등록하기 전에 주택건설사업용 토지를 취득한 경우라면 위 규정에 의한 등록세 중과제외대상으로 볼 수는 없는 것으로 사료됩니다.