부동산등기의 등록세 중과세율 질의

1. 평소 지방세정 운영에 협조하여 주신데 대하여 감사드리며, 2007.12.18.자로 우리부에 문의한 사항에 대한 회신입니다. 2. 〈 질의내용 〉 서울특별시 외 과밀억제권역인 경기도 성남시에 본점을 두고 설립된지 5년이 경과한 법인이 2006년도에 서울특별시 내에 지점을 설치하였으나 2007년도에 내부사정으로 당해 지점을 폐쇄한 다음 폐쇄된 지점 설치일부터 5년 이내에 서울특별시 내의 부동산을 취득하고 이에 대한 등기를 하는 경우 당해 부동산등기가 등록세 중과세대상에 해당되는지 여부에 대하여 질의하셨습니다. 3. 〈 회신내용 〉 가. 지방세법 제138조 제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있습니다. 나. 위 규정에서 등록세 중과세대상이 되는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미하는 것이므로(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판결 참조), 다. 귀 문의 경우 대도시내 설립후 5년 경과 법인이 서울특별시 내에 지점을 설치하였다가 이를 폐쇄하였다면 그 폐쇄된 지점 설치일부터 5년 이내에 서울특별시 내의 부동산을 취득 등기하였다 하더라도 당해 부동산 취득 이후 5년 이내에 새로운 지점을 설치하지 아니하고 본점에서 직접 관리하면서 임대업에 사용하는 경우라면 이는 당해 지점과 관계되어 취득하는 일체의 부동산등기로 볼 수 없어 지방세법 제138조제1항의 규정에 의한 등록세 중과세대상에 해당되는 것으로 보기는 어렵다고 사료되나, 이에 해당되는지 여부는 사실관계를 과세권자가 확인하여 결정할 사항이라 할 것입니다. 끝.