과점주주 취득세대상 여부에 대한 질의

1. 평소 지방세정 운영에 협조하여 주신데 대하여 감사드리며, 귀하께서 ‘07.10.19 우리부에 질의하신 민원에 대한 회신입니다. 2. 〈 질의내용 〉 지방자치단체가 출자한 법인으로서 당초 법인설립시 자치단체가 현물출자한 부동산의 취득에 대하여는 당해 법인에서 감면을 받았으나 이후 증자에 따라 소유주식 비율이 아래와 같이 변경되었을 경우 증자로 인하여 최초로 과점주주가 된 사업단이 납부하여야 할 과점주주 취득세에 당초 법인에서 취득시 감면받은 부동산에 대해서도 과점주주가 납부하여야 할 과세대상에 포함되는지 여부에 대하여 질의하셨습니다. 《예시》 구분주식소유비율 변동 현황설립시(2003.2.25)1차증자(2003.5.2)2차증자(2004.2.28)문경시86.7%39.4%33.3%광해방지사업단13.3%60.6%66.7% 3. 〈 회신내용 〉 가. 지방세법 제22조 제2호에서 과점주주를 주주 또는 유한책임사원 1인과 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들로 규정하고 있고, (구)지방세법 제105조 제6항(2005.12.31.법률 제7843호로 개정되기 전 법률)에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하면서 그 단서규정으로 법인 설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무 성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정되어 있으며, 나. 같은법시행령 제78조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 그 제2항에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있습니다. 다. 이와 관련하여 (구)지방세법 제105조 제6항(2005.12.31.법률 제7843호로 개정되기 전 법률) 단서규정에서 “취득세가 비과세 또는 감면되는 경우”라 함은 과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우라 할 것이므로, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니다.(대법원 99두6897. 2001.1.30. 참조)라고 할 것인바, 라. 귀문의 경우 당해 법인에서 부동산 등을 취득하면서 감면받은 부동산에 대하여도 과점주주에 대하여 비과세ㆍ감면토록 별도의 규정이 없는 한 증지에 따른 과점주주의 과세대상에 포함되어야 하며, 이미 과점주주가 된 상태에서 주식 또는 지분의 비율이 증가하였으므로 그 증가된 분에 대하여도 취득세를 납부하여야 할 것으로 판단됩니다. 끝.