대도시내로의 본점이전에 따른 등록세 중과세 여부 질의회신

가. 지방세법 제138조 제1항제1호 및 제3호에서 대도시내에서의 법인설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립 · 설치 · 전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세 한다고 한 후 동법시행령 제102조제2항에서 법 제138조 제1항제3호에서 ""법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 · 주사무소 · 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기"" 라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립 · 설치 · 전입 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있습니다. 나. 상기 규정에서 ""일체의 부동산 등기""라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립 · 설치 · 전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산 등기를 뜻하므로 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되는 것은 아니더라도 그 설립 · 설치 · 전입과 아무런 관련없이 취득한 부동산 등기는 포함되지 않는 것(대법원 2005두4205, 2006.9.8)이므로 대도시외에서 설립한 법인이 2003.6.27 대도시내의 부동산을 취득한 후 1983.3.19 당해 대도시내에 설치한 법인의 지점에서 학원으로 사용함과 동시에 일부공간에 대하여 부동산임대를 직접하고 있었다면 이는 지점사업용 부동산으로서 본점의 전입과는 아무런 관련이 없다 할 것이므로 등록세 중과세 대상이 되지 않는다 할 것이나, 2003.5.3 유치원신축을 목적으로 당해 대도시내의 부동산을 취득하였으나 유치원 신축을 추진중에 법인의 본점을 당해 대도시내로 이전한 한 경우라면 이는 본점 사업용 부동산에 해당된다 할 것이므로 등록세 중과세 대상이 되는 것으로 판단되나 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실관계를 세부적으로 확인하여 판단할 사항입니다.