학교법인에 대하여 비과세한 취득세 등 추징여부 질의회신

가. 지방세법 제107조 및 그 제1호와 동법시행령 제79조제1항제2호 규정에 의한 초 · 중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등을 부과하지 아니하나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있습니다. 나. 초 · 중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 학교법인이 기존 운영하던 학교를 이축하여 운영하던 중 관할 교육감으로부터 당해 고등학교 교육용 기본재산(학교)을 제3의 학교법인에게 증여하기로 하는 허가를 받아 증여한 후 증여받은 학교에서 계속 학교로 사용하고 있다면 이는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각(증여)한 정당한 사유가 있다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2004-90호, 2004.4.26)이므로 귀문의 경우, 기 비과세한 취득세 등의 추징대상이 되지 않는다 할 것입니다.