토지취득에 따른 지방세 관련 질의

1. 평소 지방세정 운영에 협조해 주신데 대하여 감사드리며, 귀하께서 2006.8.8 질의하신 사항에 대한 회신입니다. 2. 질의요지 공동주택을 건설하기 위하여 관련 행정관청의 지구단위계획 등의 심의를 받기 위하여 주택건설사업승인 전과 후에 취득하여 기부채납하는 토지에 대한 취득세 등의 비과세 대상여부와 공부상 지목이 전(田)과 과수원으로서 실제 경작하고 있는 토지를 취득하여 등기하면서 착오로 1,000분의 20의 세율로 납부한 경우 착오납부한 세액의 과오납 환부 및 청구권 소멸시효 기간은 언제인지 여부 3. 회신내용 가. 지방세법 제106조제2항 및 제127조제2항에서 국가.지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있습니다. 나. 상기 규정에 의한 취득세와 등록세의 비과세 대상은 당해 사업승인 이후에 취득하는 토지만이 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당되는 것(대법원판례 2003다43346, 2005.5.12)이므로 공동주택 등의 건설사업계획에 국가 등에 기부채납 하겠다는 조건을 붙여 주택건설사업계획 승인을 받은 이후 그 조건에 명시된 기부채납 의무를 이행하기 위하여 부득이 취득하는 부동산은 취득세와 등록세의 비과세 대상이 되는 것이므로 귀문의 경우, 관련 행정관청으로부터 공동주택 건설을 건축허가를 받은 후 그 건축 허가서에 명시된 기부채납을 이행하기 위하여 취득한 토지는 상기 규정에 의한 취득세와 등록세의 비과세 대상이 된다 할 것이나 건축허가를 받기 전에 취득한 토지는 비과세 대상이 되기 어렵다 할 것입니다. 다. 공부상 지목이 전(田)과 과수원으로서 실제 경작되고 있는 농지를 취득하여 등기하는 경우 1,000분의 10의 세율로 등록세를 납부하여야 하나 1,000분의 20의 세율로 착오납부한 것이 명백하다면 납세의무자가 그 권리를 행사 할 수 있는 때부터 5년 이내에 과오납 환부를 청구하는 경우 지방세법 제30조의5의 규정에 의거 과오납 환부 대상이 되는 것이나, 귀문의 경우가 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 관련자료 등을 확인할 사항입니다. 끝. 추가로 문의하실 사항이 있는 경우 아래에 기재된 000사무관(**-****-****)에게 연락을 주시면 자세히 답변하여 드리겠습니다.