비과세한 학교부지의 취득세 등 추징대상 여부 질의회신

가. 지방세법 제107조제1호와 제127조 제1항제1호, 제186조제1호 및 동법시행령 제79조 제1항제2호에서 초 · 중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하도록 규정하고 있고, 당해 목적에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 비과세하나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세와 등록세 및 재산세를 과세한다고 규정하고 있습니다. 나. 상기 규정에 의한「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지 · 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 외부적사유도 포함된다 할 것이나 그 정당한 사유의 유 · 무를 판단함에 있어서는 취득세의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 또는 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 · 사실상의 장애유무 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부와 관련 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 확인하여 「정당한 사유」여부를 판단하여야 할 것(대법원 93누6041, 1993.7.27)인 바, 귀문의 경우가 이에 해당되는지 여부는 과세권자가 사실관계를 세부적으로 조사하여 기 비과세한 취득세와 등록세의 추징여부 및 재산세 과세대상 여부를 판단할 사항입니다.