기부채납 부동산 관련 질의에 대한 회신

1. 지방세법 제106조제2항과 제126조제2항에서 국가 · 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포한한다)을 조건으로 취득등기 하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 동법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는그 과점주주는 당해 법인의 부동산 · 차량 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 2. 지방자치단체를 당사자로 하는 기부채납 계약을 체결한 경우 기부채납은 기부자가 그의 소유재산을 지방자치단체의 공유재산으로 증여하는 의사를 표시하고 지방자치단체는 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종(대법원 1999.2.5 98다24136)으로서 상기‘갑’법인이 건축물을 신축 취득한 후 20년간 사용하다가 기부채납하기로 하는 협약을 체결하였다면 이는 이미‘갑’법인이 취득한 부동산은 지방자치단체에 기부채납이 이루어졌다고 할 것이고, 기부채납 계약(협약체결)이 이루어진 후 협약서 제17조제2항 규정에 의거 당해 지방자치단체의 동의를 얻어‘갑’법인 소유의 주식을 제3자인‘을’그룹에게 매각하였다면‘을’그룹은‘갑’법인의 부동산을 취득한 것이 아니라 20년 동안 사용 · 수익할 수 있는 권리를 취득한 것에 불과하다 할 것이므로‘갑’법인에 대하여 비과세한 취득세와 등록세는 추징대상이 되지 않는다 할 것이며,‘병’법인에 대한 취득세와 등록세의 납세의무도 발생되지 않는 것이나‘을’그룹이‘갑’법인의 주식을 100% 취득하였다면‘을’그룹은 과점주주에 해당되는 것이고 과점주주 성립시 별도의 비과세 규정이 없으므로 상기 지방세법 제105조제6항 규정에 의한 취득세 납세의무가 있는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것입니다.